Taq DNA聚合酶有几种,除了普通扩增用的Taq DNA聚合酶外，还有以下几种特意性Taq DNA聚合酶。
a，保真性的一个通用标准是错配率，错配率越低保真性越好。普通 Taq 酶的错配率在 10 -5 碱基 / 循环数，而高保真 Taq 酶错配率可降到 10 -6 数量级，大大降低了出错的可能性；它适合对 PCR 保真性要求较高的实验，如基因筛选、测序、突变检测等等。高保真 Taq 酶的保真原理是：高保真 Taq 酶具有 3‘ 到 5’ 核酸外切酶的活性。目前市面上主要有两类产品：一类是混合型的高保真酶，将带有 Proofreading 活性的酶与普通 Taq 酶（用于提高扩增效率）混合起来；另一类是单一型的高保真酶。
b，热启动Taq酶（高特异Taq酶）：在 PCR *个循环变性之前，有一个升温的过程，引物和模板会有一些非特异性配对，如果这时 Taq 酶发挥活性，就很容易产生非特异性扩增，由于循环初期模板量非常少，产生的非特异性条带经过后面的指数扩增，就会严重干扰目的片段的扩增，甚至导致特异性条带不能扩出；而热启动 Taq 酶是必需经过高温才能激活的酶，因此在初始循环的变性之前它没有活性，不会产生非特异性扩增，这就大大提高了 PCR 扩增的特异性。
c，高耐热Taq酶： 对于有些模板变性温度较高，需要时间较长，可能要求高耐热性 Taq 酶，如 NEB 公司的 Vent 和 Deep Vent DNA 聚合酶系列，两者都是从海底火山口分离出来后克隆的，是普通 Taq 酶耐热性的三倍以上，前者在 95°C 半衰期近 7 小时， 100°C 近 2 小时；而后者分别为 23 小时和 8 小时。
d，超长片段扩增Taq酶:对于作基因组图谱、测序及分子遗传学研究的科研人员，可能会用到超长片段的扩增， Clontech 公司的 Advantage Genomic 系列混有 Tth DNA 聚合酶， Proofreading 酶和热启动抗体，对复杂模板可扩增 10kb 片段，简单模板可达 40kb 。
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