用于qPCR的ROX参考染料, 50mL
Lumiprobe Corporation是美国一家高品质生物技术公司,专业提供分子生物学研究用的活性荧光染料。主要产品有:活性染料(ReactiveDye)和SYBRGreen I染料,定制合成荧光双标记引物。产品主要应用:点击化学(CLickChemistry)、蛋白质组学研究中的双向荧光差异凝胶电泳(2DDIGE)和实时荧光定量PCR(ReaLtimePCR)。Lumiprobe是通过ISO 9001认证的生命科学应用标准和定制试剂制造商。
Taq Pro Universal SYBR qPCR Master Mix
高产量、平台通用的qPCR专用预混液
较高的扩增平台值:扩增产量大幅度提升,拥有较高扩增平台值
灵敏度与特异性:采用的Taq Pro DNA Polymerase是经过升级改造的、基于抗体法修饰的新一代热启动聚合酶,配以针对 qPCR 优化的合适Buffer以及特异性促进因子,有效避免引物二聚体和非特异性扩增的产生
广泛的平台适用性:特殊的ROX参比染料,适用于所有qPCR仪,无需在不同的仪器上调整ROX浓度
较高的扩增平台值
图1
以 Hela cDNA 为模板,使用 Taq Pro Universal SYBR qPCR Master Mix(Vazyme #Q712) 预混液以及其他品牌染料法qPCR 试剂,在同样反应条件下扩增 6 个不同的基因。结果显示,在不同扩增体系上,与同类产品相比,Vazyme #Q712 预混液灵敏度高,扩增产物产量高,拥有较高的平台值。
灵敏度与特异性平衡
图2
图 A 是将 pUC19 质粒进行 8 个 10 倍梯度稀释,图 B 是根据图 A 的 CT 值得出的标准曲线。第 8 个梯度中质粒拷贝数浓度约为 6 copies/4 μl,使用 Taq Pro Universal SYBR qPCR Master Mix(Vazyme #Q712) 预混液对各稀释梯度中的 pUC19 进行检测,每孔模板使用量为4 μl。结果显示,Vazyme #Q712 预混液在宽广的模板量区间内具有优异的线性关系,可以检测出个位数拷贝的待测模板,灵敏度较高。
图 C 是以HeLa 细胞cDNA为模板,使用Taq Pro Universal SYBR qPCR Master Mix(Vazyme #Q712) 预混液以及其他品牌染料法 qPCR 试剂,在相同条件下测试24个体系,检测扩增特异性。统计结果显示:Vazyme #Q712预混液能够检测超过92%(22/24) 的目标基因。
平台通用
图3
使用 Taq Pro Universal SYBR qPCR Master Mix(Vazyme #Q712) 在不同类型的 qPCR 仪(机 型:ABI Stepone、ABI QuantStudio 3、Roche LightCycler 480)上扩增基因,定量结果优异。说明Vazyme #Q712预混液仪器适用性广,无需针对不同仪器调整ROX浓度。
Taq Pro Universal SYBR qPCR Master Mix为SYBR GreenⅠ嵌合荧光法进行 qPCR 反应的专用预混液。本产品采用的Taq Pro DNA Polymerase是经过升级改造的、基于抗体法修饰的新一代热启动聚合酶,具有特异性强、检测灵敏度高、扩增产量高等诸多优点。配以针对qPCR优化的合适Buffer以及特异性促进因子,较大地提高了qPCR扩增产量,拥有较高平台值,适用于进行高特异性、高灵敏度的qPCR扩增。Taq Pro Universal SYBR qPCR Master Mix含有特殊的ROX Reference Dye,适用于所有qPCR仪器,无需在不同的qPCR仪器上调整 ROX 的浓度。
-30 ~ -15℃避光保存,Master Mix解冻后可于2 ~ 8℃避光条件下稳定存放6个月;≤ 0℃运输。
-20℃存放18个月;37℃存放9天;25℃存放一个月;可冻融30次。
ChamQ Universal SYBR qPCR Master Mix
通用型高灵敏度染料法定量PCR 检测试剂盒
广泛的平台适用性:特殊的ROX参比染料,适用于所有qPCR仪,无需在不同的仪器上调整ROX浓度。
较高的扩增特异性:使用新型抗体法热启动酶Champagne Taq DNA Polymerase,配以优化的Buffer和特异性促进因子Exactor,有效避免引物二聚体和非特异性扩增的产生。
优异的扩增灵敏度:预混液在宽广的模板区间具有优异的线性关系,同时可检测出具有个位数拷贝的待测模板。
程序兼容性:预混液可用标准程序和快速程序定量,解决程序的兼容性。
1.优异的特异性
图1
以HeLa 细胞cDNA 为模板,使用ChamQ Universal SYBR qPCR Master Mix Vazyme #Q711 和Vazyme #Q311 预混液及其它品牌染料法qPCR 试剂,在相同条件下测试25 个随机挑选的基因,用以检测扩增特异性。统计结果显示:Vazyme #Q711 预混液能够完成超过96%(24/25) 的目标基因检测,特异性高。
2.平台通用
图2
使用ChamQ Universal SYBR qPCR Master Mix(Vazyme#Q711)在不同类型的qPCR 仪(机型:StepOnePlus、QuantStudio 3、CFX Connect )上扩增GAPDH 基因,定量结果优异。说明Vazyme #Q711 预混液仪器适用性广,无需针对不同仪器调整ROX 浓度。
3.宽广的定量阈
图3
图A 是将pEMT 质粒进行8 个10 倍梯度稀释,图B 是根据图A 的C T 值得出的标准曲线。第8 个梯度中质粒拷贝数浓度约为6 copies/4 μl,使用ChamQ Universal SYBR qPCR Master Mix(Vazyme #Q711)预混液对各稀释梯度中的pEMT 质粒进行检测,每孔模板使用量为4 μl。结果显示,Vazyme #Q711 预混液在宽广的模板量区间内具有优异的线性关系,可以检测出个位数拷贝的待测模板,灵敏度较高。
本产品是使用SYBR Green I嵌合荧光法进行qPCR反应的专用预混液,其中Champagne Taq DNA Polymerase为一种新型的抗体法热启动DNA聚合酶,具有特异性强、检测灵敏度高等诸多优点,配以针对qPCR优化的合适Buffer以及特异性促进因子Exactor,适合于进行高特异性、高灵敏度的qPCR反应。本产品中含有特殊的ROX Passive Reference Dye,适应于所有qPCR仪器,无需在不同的仪器上调整ROX的浓度,只需在配制反应体系时加入引物和模板即可进行扩增。
– 20℃避光保存,解冻后可于4℃避光条件下稳定存放6 个月。
可冻融30次;配置好的混合体系(引物、模板、试剂)可于4℃存放6h。
Animal Detection U+ Probe qPCR Super PreMix
支持引物探针全预混的高灵敏qPCR预混液
使用便捷高效 支持引物探针体系全预混,并可实现预混后37℃加压7天、反复冻融30次性能稳定,降低操作复杂度,提升实验成功率。
优异的检测灵敏度 热启动Taq酶的优越性能,配合经过升级改造的缓冲体系,实现高灵敏检测,有效降低漏检率。
兼容多重反应体系 支持多靶标同时检测。
支持快速程序 兼容快速程序,40 min内完成检测,有效提高检测效率。
dUTP/UDG 防污染系统 Heat-labile UDG在室温下即可发挥作用,降低假阳性,确保结果真实可靠。
Animal Detection U+ Probe qPCR Super PreMix 是一款适用于DNA探针法检测的专用预混液,只需额外添加引物、探针、模板即可。本预混液采用新一代超高亲和力抗体结合升级的热启动技术,实现高效封闭与准确释放,配合高效荧光保护因子,使预混液在支持引物探针全预混添加的同时实现高效扩增。
1. 预混稳定性
使用双重质控体系,将Animal Detection U+ Probe qPCR Super PreMix(Vazyme#QV114)预混引物探针后分别经30次反复冻融、37℃加压7天的处理,以-20℃保存的预混液作为对照,进行同板上机。结果显示,Vazyme#QV114预混引物探针后在相应的处理条件下,与对照组均无显著差异,试剂具有良好的预混稳定性。
2. 扩增灵敏度
以非洲猪瘟病毒(ASFV)DNA为模板,使用Animal Detection U+ Probe qPCR Super PreMix(Vazyme#QV114)及其他品牌探针法qPCR试剂,在相同反应条件下进行扩增。结果显示,与同类产品相比,Vazyme#QV114拥有更高的检测灵敏度与扩增平台。
3. 兼容多重反应体系
以非洲猪瘟病毒(ASFV)DNA为模板,使用Animal Detection U+ Probe qPCR Super PreMix(Vazyme#QV114)进行扩增。结果显示,Vazyme#QV114可兼容多重体系扩增。
4. 支持快速程序
以非洲猪瘟病毒(ASFV)DNA为模板,使用Animal Detection U+ Probe qPCR Super PreMix(Vazyme#QV114)分别在标准程序和快速程序下进行扩增。结果显示,在三重体系下两种程序的扩增曲线一致,表明Vazyme#QV114可以兼容快速程序,满足快速检测需求。
组分 |
QV114-01 (400 rxns/25 μl reaction) |
QV114-02 (800 rxns/25 μl reaction) |
2 × Animal Detection U+ Probe qPCR Super PreMixa |
5×1 ml |
1×10 ml |
50 × ROX Reference Dye 1b |
200 μl |
400 μl |
50 × ROX Reference Dye 2b |
200 μl |
400 μl |
a. 包含dNTP/dUTP Mix,Mg2+,热启动Taq酶,Heat-labile UDG等。
b. 用以校正孔与孔之间产生的荧光信号误差。
-30 ~ -15℃保存;≤0℃运输。
低模板良好的扩增灵敏度和S型曲线
支持快速程序
支持多重qPCR
dUTP/UDG防污染系统
Taq Pro U+ Multiple Probe qPCR Mix是一款适用于DNA模板(如DNA病毒)的探针法qPCR专用预混液。核心组分Taq Pro HS DNA Polymerase是基于抗体法修饰,经过升级改造提升模板亲和能力的新一代热启动DNA聚合酶。搭配经过优化的缓冲体系,显著提高了多重靶标下的扩增性能、扩增特异性、低拷贝基因的检测灵敏度和扩增线型,能够对靶基因进行准确定量、检测,重复性好,可信度高。对于模板类型、模板GC含量和引物Tm值等具有广泛的兼容性。试剂中引入了dUTP/UDG防污染系统,室温下即可发挥作用,可消除扩增产物污染对qPCR的影响,保证结果的准确性。此外,本产品只需额外加入引物、探针、模板即可,还可以兼容快速程序,缩短检测时间。
1. 更优的扩增性能
针对人源基因组DNA与鼠源基因组DNA,用Vazyme品牌与T品牌的qPCR试剂扩增检测,结果证明Vazyme品牌Taq Pro U+ Multiple Probe qPCR Mix(QN213)在FAM/VIC/CY5通道中,灵敏度、平台期与T品牌相比表现更好。
2. 引入dUTP/UDG防污染系统
对于4pg、40pg、400pg不同模板投入量的样本,dUTP/UDG防污染的效率均高于99.0%。
3.更优的稳定性
a. 扩增性能稳定性
对于稳定性保障,进行4℃、37℃加压和冻融稳定性测试。QN213在4℃条件下加压4周和37℃条件下加压7天,FAM/VIC/CY5通道的检测Ct值相差均在±0.5以内。处理组进行反复冻融10次、30次、50次,FAM/VIC/CY5通道的检测Ct值相差均在±0.5以内,扩增平台相差在20%以内。QN213具有优秀的存储稳定性。
b.UDG清除效率
对于UDG清除效率的稳定性保障,进行4℃加压和反复冻融稳定性测试。QN213在4℃条件下加压1-4周或冻融10次、30次和50次后,投入4pg、40pg和400pg的模板进行检测,UDG清除效率与对照组相比无明显差异。
组分 |
QN213-01 (100 rxns/20 μl reaction) |
QN213-02 (500 rxns/20 μl reaction) |
QN213-03 (2,500 rxns/20 μl reaction) |
2 × Taq Pro U+ Multiple Probe qPCR Mixa |
1 ml |
5×1 ml |
QN213-02×5 |
50 × ROX Reference Dye 1b |
100 μl |
200 μl |
|
50 × ROX Reference Dye 2b |
100 μl |
200 μl |
a. 包含dNTP/dUTP Mix,Mg2+,Taq Pro HS DNA Polymerase,Heat-labile UDG等。
b. 用以校正孔与孔之间产生的荧光信号误差。使用ABI 7900HT/7300 Real-Time PCR System和StepOnePlus时使用50 × ROX Reference Dye 1;ABI 7500,7500 Fast Real-Time PCR System,Stratagene Mx3000P使用50 × ROX Reference Dye 2;Roche,Bio-Rad的Real Time PCR仪不必使用ROX。
-30 ~ -15℃保存,≤0℃运输
适用于富含GC模板
更高的扩增特异性
优异的扩增线型
良好的杂质耐受性能
兼容快速程序,缩短检测时间
Taq Pro HighGC U+ Multiple Probe qPCR Mix是一款适用于DNA模板(如DNA病毒)的探针法qPCR专用预混液。核心组分Taq Pro HS DNA Polymerase是基于抗体法修饰,经过升级改造提升模板亲和能力的新一代热启动DNA聚合酶。搭配针对qPCR系统优化的合适Buffer,显著提高了扩增特异性和低拷贝基因的检测灵敏度和扩增线型,能够在宽广的定量范围内得到优异的扩增线型,对靶基因进行准确定量、检测,重复性好,可信度高。本产品适用于富含GC模板的扩增,同时具有良好的杂质耐受性能。试剂中引入了dUTP/UDG防污染系统,室温下即可发挥作用,可消除扩增产物污染对qPCR的影响,保证结果的准确性。本产品是一款2 × 预混液,只需额外加入引物、探针、模板即可,使用方便,同时兼容快速程序,缩短检测时间。
1. 更优的扩增性能
针对人源基因组DNA,用不同品牌的qPCR试剂扩增检测,结果证明Vazyme品牌Taq Pro HighGC U+ Multiple Probe qPCR Mix(QN211)在FAM/VIC/CY5通道中,灵敏度、平台期与其他品牌相比表现更好。
2. 引入dUTP/UDG防污染系统
对于4pg、40pg、400pg不同模板投入量的样本,dUTP/UDG防污染的效率均高于99.9%。
3. 更优的稳定性
a. 扩增性能稳定性
对于稳定性保障,进行4℃、37℃加压和冻融稳定性测试。QN211在4℃条件下加压4周和37℃条件下加压7天,FAM/ROX/VIC/CY5通道的检测Ct值相差均在±0.5以内。处理组进行反复冻融10次、30次、50次,FAM/ROX/VIC/CY5通道的检测Ct值相差均在±0.5以内,扩增平台相差在20%以内。QN211具有优异的存储稳定性。
b. UDG清除效率
QN211在4℃条件下加压1-4周或冻融10次、30次和50次后,投入4pg、40pg和400pg的模板进行检测,UDG清除效率和对照组相比无明显差异。
组分 |
QN211-01 (100 rxns/20 μl reaction) |
QN211-02 (500 rxns/20 μl reaction) |
QN211-03 (2,500 rxns/20 μl reaction) |
2 × Taq Pro HighGC U+ Multiple Probe qPCR Mixa |
1 ml |
5 × 1 ml |
QN211-02 × 5 |
50 × ROX Reference Dye 1b |
100 μl |
200 μl |
|
50 × ROX Reference Dye 2b |
100 μl |
200 μl |
a. 包含dNTP/dUTP Mix,Mg2+,Taq Pro HS DNA Polymerase,Heat-labile UDG等。
b. 用以校正孔与孔之间产生的荧光信号误差。使用ABI 7900HT/7300 Real-Time PCR System和StepOnePlus时使用50 × ROX Reference Dye 1;ABI 7500,7500 Fast Real-Time PCR System,Stratagene Mx3000P使用50 × ROX Reference Dye 2;Roche,Bio-Rad的Real Time PCR仪不必使用ROX。
-30 ~ -15℃保存,≤0℃运输
新一代AccurSTART一步法RT-qPCR单管预混液
支持引物探针提前预混,加入模板即可反应
探针引物提前预混:探针引物可提前加入预混液中,性能保持稳定
DNA/RNA 共检:稳定实现 DNA、RNA 模板的灵敏扩增
灵敏高效:实现个位数拷贝模板稳定检出
多重扩增:兼容4-5 重扩增
AccurSTART U+ One Step RT-qPCR Super PreMix (ONE TUBE)是一管式探针法RT-qPCR专用预混液,适用于以RNA为模板(如RNA病毒) 的单重或多重定量PCR检测。本预混液使用基于酶改造的热启动技术,搭配新一代高亲和力Taq酶抗体,实现了酶的高效封闭、准确释放。配合一步法专用Reverse Transcriptase和优化后的化学缓冲,支持引物探针提前预混,配制成工作液后,低温下可长期保存,使用时直接添加待测样品即可,不需要额外的开管/移液操作。预混液中引入了dUTP/UDG防污染系统,可在室温下发挥作用,消除扩增产物污染对qPCR的影响,保证结果的准确性。本产品还可兼容快速程序,大大缩短了检测时间。
支持探针引物预先加入的全预混试剂
将AccurSTART U+ One Step RT-qPCR Super PreMix (ONE TUBE)(Vazyme #Q621)及其他品牌试剂提前加入探针引物配制成工作液,分别进行4℃ 2周、37℃ 5天的加压和50次的冻融,随后以相同体系的现配工作液为对照进行扩增反应。结果表明Q621可以支持探针引物提前加入配制成工作液,保持长期稳定,在后续实验中仅需加入模板即可实现高效扩增。
模板灵活性
AccurSTART U+ One Step RT-qPCR Super PreMix (ONE TUBE)经精心优化,可实现 RNA和DNA靶标特异性检测。在各类待检样本中同时检测RNA和DNA病毒是很常见的。以DNA/RNA为模板,在多重体系中进行检测,结果表明Q621可以同时实现DNA、RNA的检测。
组分 |
Q621-01 200 rxn(20 ul/rxn) |
Q621-02 1,000 rxn(20 ul/rxn) |
Q621-03 10,000 rxn(20 ul/rxn) |
RNase-free ddH2O |
1 ml |
10 ml |
100 ml |
U+ One Step RT-qPCR Probe 5 × Master Mixa |
800 μl |
4×1 ml |
40 ml |
50×ROX Reference Dye 1b |
80 μl |
400 μl |
4×1 ml |
50×ROX Reference Dye 2b |
80 μl |
400 μl |
4×1 ml |
a. 包含dNTP/dUTP Mix、Mg2+、Reverse Transcriptase、RNase inhibitor、Heat-labile UDG以及Taq DNA Polymerase。
b. 用以校正孔与孔之间产生的荧光信号误差。使用ABI 7900HT/7300 Real-Time PCR System和StepOnePlus时使用50 × ROX Reference Dye 1;ABI 7500、7500 Fast Real-Time PCR System、Stratagene Mx3000P使用50 × ROX Reference Dye 2;Roche、Bio-Rad的Real Time PCR仪不必使用ROX。
-30~ -15℃保存,≤0℃运输。
AccurSTART U+ One Step RT-qPCR Probe Kit (Glycerol-free)
金畔生物新一代AccurSTART无甘油一步法RT-qPCR预混液
灵敏高效:扩增性能优异
储存稳定:加压和冻融稳定性优越
兼容耐杂:可兼容粪便、组织及拭子等多类型样本
AccurSTART U+ One Step RT-qPCR Probe Kit (Glycerol-free)是一款以RNA为模板(如RNA病毒)的无甘油一步法RT-qPCR试剂,适用于冻干产品的开发设计。本产品整合一步法专用Reverse Transcriptase以及热启动Champagne Taq DNA Polymerase的优越性能,搭配精心优化的可冻干化学缓冲,具有更优的扩增效率、均衡性和特异性,可兼容不同的冻干工艺。此外,试剂中引入了dUTP/UDG防污染系统,可在室温下发挥作用,消除扩增产物污染对qPCR的影响,保证结果的准确性。
1. 扩增性能优越
针对不同体系,分别使用QL227与其他品牌的无甘油一步法试剂进行扩增,比较在相同引物探针条件下的扩增性能。结果显示,QL227在不同体系下的扩增性能均优于对照试剂,扩增性能表现优异。
2. 储存稳定
将QL227分别做不同温度存放和冻融处理,以-20℃储存的试剂为对照,通过扩增性能测试试剂稳定性。结果显示,测试组和对照组试剂的Ct值相差均在±0.5以内,表明QL227具有优异的稳定性。
-30~ -15℃保存,≤0℃运输。
– Luna 一步法酶混合液
使用探针法 qPCR,快速、灵敏、精准的对目标 RNA 进行检测和定量
Luna 通用探针一步法 RT-qPCR 试剂盒(无 ROX)经过优化,适用于水解探针法的 RNA 实时定量。一步法 RT-qPCR 为 RNA 检测和定量提供了一种便捷、强大的方法。在同一管中,RNA 首先由反转录酶转化为 cDNA,然后使用 DNA 依赖型 DNA 聚合酶扩增 cDNA,从而可以进行 qPCR 定量。基于探针法的 qPCR / RT-qPCR 原理是利用聚合酶的 5´ → 3´ 外切酶活性,将淬灭的目标特异性探针切断发出荧光,并实时监测荧光值的增加,以测量 PCR 每个循环中的 DNA 扩增。在荧光信号显著超过背景荧光的位置,可以确定 Cq 值。Cq 值可用于评估两个或多个样品的靶基因相对丰度,通过已知稀释浓度样品的标准曲线,可对靶基因进行绝对定量。
以下试剂随产品提供
储存温度 (°C) |
浓度 |
|
Luna® Probe One-Step Reaction Mix (No ROX) |
-20 |
2 X |
Luna® WarmStart® RT Enzyme Mix |
-20 |
20 X |
Nuclease-free Water |
-20 |
-20°C
Luna 通用 qPCR 预混液
·15 分钟内完成 cDNA 第一链的合成
·与 Luna qPCR 预混液搭配使用,RT-qPCR 效果更优异
LunaScript SuperMix 反转录试剂盒是经过优化的预混液,用于两步法 RT–qPCR 的第一步 cDNA 第一链合成。该预混液最具特色的是采用了耐热 Luna 反转录酶,可在高温下合成 cDNA。预混液中的小鼠 RNase 抑制剂可保护模板 RNA 不被降解。在预混液中同时含有 6 碱基随机引物和 poly-dT 引物,可覆盖全长目标 RNA。
– LunaScript RT SurperMix
Luna® SARS-CoV-2 多重 RT-qPCR 检测试剂盒用于 SARS-CoV-2 的实时 RT-PCR 检测
对 2019-nCoV_N1 和 2019-nCoV_N2 靶标以及人源 RNase P 基因进行多重检测,支持高通量检测流程
通过将 RNase P 内标的反向引物设计为跨外显子序列,降低基因组 DNA 的扩增背景
4X 浓度的 RT-qPCR 预混液支持更大的上样量,提高检测灵敏度
Luna 温启动反转录酶和热启动 Taq 酶共同提升反应特异性和功效,可在室温条件下建立体系
预混液中包含热敏 UDG 和 dUTP,防止残留污染
支持混合样品池检测,且不影响灵敏度
欲了解 NEB 如何支持 COVID-19 研究,请点击 COVID-19 research,其中详述了多种 RT-qPCR 病毒检测方案
使用 Luna SARS-CoV-2 多重 RT-qPCR 检测试剂盒,在 96 孔板上检测 94 个不同的样本。结果通过荧光通道显示。
Luna® SARS-CoV-2 多重 RT-qPCR 检测试剂盒经过优化,适用于水解探针法的 SARS-CoV-2 实时 RT-PCR 检测。在同一管中,RNA 首先由反转录酶转化为 cDNA,然后使用 DNA 依赖型 DNA 聚合酶扩增 cDNA,从而可以进行 qPCR 定量。基于探针法的 qPCR / RT-qPCR 原理是利用聚合酶的 5´ → 3´ 外切酶活性,将淬灭的目标特异性探针切断发出荧光,并实时监测荧光值的增加,以测量 PCR 每个循环中的 DNA 扩增。在荧光信号显著超过背景荧光的位置,可以确定 Cq 值。Cq 值可用于评估两个或多个样品的靶基因相对丰度。
图 1:Luna® SARS-CoV-2 多重 RT-qPCR 检测试剂盒组分
图 2:Luna SARS-CoV-2 多重 RT-qPCR 检测试剂盒可在一个反应中同时检测两个 N 基因位点和人源 RNase P 基因
A. SARS-CoV-2 的两组引物探针序列源于 CDC 提供,其中探针改为两种荧光标记(N1: HEX, N2: FAM)。
B. RNase P 内标包含 Cy5 标记的探针和重新设计的反向引物。该引物的跨外显子设计,避免了人基因组 DNA(含有 2.4 kb 内含子)的扩增干扰。
SARS-CoV-2 引物/探针混合物包含 SARS-CoV-2 病毒中 N 基因两个区域的引物和探针 [基于美国疾病控制与预防中心(CDC)提供的序列]。两条探针带有不同的荧光标记(N1: HEX;N2: FAM),可在 qPCR 仪器的两个不同通道中同时观测。为了确保检测样品的完整性和无抑制物,还包含一套用于扩增人源 RNase P 基因的内标(IC)引物和探针。该靶基因的反向引物与 CDC 的设计不同,修改为跨外显子序列,以降低残留基因组 DNA 的扩增背景。IC 的扩增可在 Cy5 通道观测。产品同时还提供阳性对照(PC)(含有 SARS-CoV-2 N 基因的质粒)。
该试剂盒包含 Luna 通用探针一步法 RT-qPCR 4X 预混液,含 UDG(NEB #M3019),支持更大的上样量和混合样品池检测,对灵敏度和特异性的影响极小。该预混液包含一步法 RT-qPCR 的所有组分,和独特校对参比染料,可与多种 qPCR 仪器兼容,包括需要高 ROX 或低 ROX 参比信号的仪器。独具特色的是:预混液还包含防止残留污染的热敏 UDG 和 dUTP,以及有助于体系建立的无荧光可见示踪染料。该示踪染料与 qPCR 常用荧光基团的光谱没有重叠,因此不会干扰实时检测。
图 3:Luna SARS-CoV-2 多重 RT-qPCR 检测试剂盒的检测下限比 TaqPath™1-Step RT-qPCR Master Mix, CG 更低
将下述两种试剂盒进行检测下限(LOD)比较:使用 Luna SARS-CoV-2 多重 RT-qPCR 检测试剂盒对 2019-nCoV_N1(HEX)和 2019-nCoV_N2(FAM)进行多重 RT-qPCR 检测,实验设置参照 E3019 产品说明书;使用 TaqPath 1-Step RT-qPCR Master Mix, CG 对 2019-nCoV_ N1(FAM)和 2019-nCoV_N2(FAM)进行单重 RT-qPCR 检测,实验设置参照美国疾控中心 2019-nCoV 实时 RT-PCR 诊断指南。实验样品:将 Twist 公司合成的 SARS-CoV-2 RNA 对照 2 掺入到 10 ng Jurkat 总 RNA 中。实验仪器为 Applied Biosystems® 7500 Fast 实时荧光定量仪 (96 孔板,20 µl 反应体系)。结果显示 Luna 试剂盒对两个靶标的检测下限为 5 拷贝/反应,而 TaqPath 为 10 拷贝/反应。
图 4:Luna SARS-CoV-2 多重 RT-qPCR 检测试剂盒适用于纯化 RNA 的混合样品池检测
通过将一份 2 µl 的模拟阳性样品(10 拷贝的 Twist 合成 SARS-CoV-2 RNA 对照 2 掺入到 10 ng Jurkat 总 RNA)与四份 2 µl 的模拟阴性样品(仅含 10 ng Jurkat 总 RNA)混合,制备出包含五份样品的混合样品池。将混合样品池(10 µl)与单独样品(2 µl,含 10 拷贝 N 基因和 10 ng Jurkat 总 RNA)进行性能比较。实验仪器为 Applied Biosystems® 7500 Fast 实时荧光定量仪(96 孔板,20 µl 反应体系)。N1 和 N2 靶标的扩增曲线显示,单独和掺入混合样品池的阳性样品 Cq 值相似。由于混合样品池中人源总 RNA 量是单独样品的 5 倍,因此正如预期,混合样品池 RNase P 基因的 Cq 值更小。
图 5:Luna SARS-CoV-2 多重 RT-qPCR 检测试剂盒的检测下限(LOD)
通过 Luna SARS-CoV-2 多重 RT-qPCR 检测试剂盒对多种 SARS-CoV-2 RNA 对照样品中的 2019-nCoV_N1(HEX)和 2019-nCoV_N2(FAM)靶标进行多重 RT-qPCR 检测,获得该试剂盒的检测下限(LOD)。实验样品:将 Twist 公司合成的 SARS-CoV-2 RNA 对照 2 掺入到 10 ng Jurkat 总 RNA 中(图 A)。两位实验人员同时使用三种仪器进行平行测试(96 孔板,20 µl 反应体系):Applied Biosystems(ABI)7500 Fast Real-Time instrument、ABI QuantStudio™ 6 Flex Real-Time PCR system,以及 Bio-Rad CFX instrument。结果显示:Twist RNA 的检测下限均为 5 拷贝/反应。此外还测试了其它样品类型(图 B):SARS-CoV-2 基因组 RNA 源自 ATCC(ATCC® VR-1986D™)、NIST(Fragment 1 – Includes SARS-CoV-2 sequence: 25949-29698 of isolate USA-WA1/2020),以及 SeraCare AccuPlex™ SARS-CoV-2 Verification Panel V2(0505-0132)。上述 RNA 均由 Monarch 总 RNA 小量提取试剂盒(NEB# T2010)提取。所有 RNA 样品均掺入到 10 ng Jurkat 总 RNA,使用 ABI 7500 Fast Real-Time instrument 检测。假设 RNA 提取的回收率为 100%,则各样品检测下限为:ATCC 的 SARS-CoV-2 基因组 RNA 为 2.5 GE(genomic copy equivalent)、NIST SARS-CoV-2 测试样品为 1×107 倍稀释、SeraCare AccuPlex 样品为 15 拷贝。
图 6:与 TaqPath 1-Step RT-qPCR Master Mix CG相比,Luna 通用探针一步法 RT-qPCR 4X 预混液,含 UDG 对 SARS-CoV-2 N2 靶标的检测性能更好
A. 使用 Luna 通用探针一步法 RT-qPCR 4X 预混液,含 UDG 对 2019-nCoV_1(HEX)和 2019-nCoV_N2(FAM)进行单重 RT-qPCR,实验设置参照 E3019 产品说明书。B. 使用 TaqPath 1-Step RT-qPCR Master Mix, CG 对 2019-nCoV_N1(FAM)和 2019-nCoV_N2(FAM)进行单重 RT-qPCR,实验设置参照美国疾控中心 2019-nCoV 实时 RT-PCR 诊断指南。实验样品:将 Twist 公司合成的 SARS-CoV-2 RNA 对照 2 掺入到 10 ng Jurkat 总 RNA 中,实验评估了样品 5-log 浓度范围扩增结果。实验仪器为 Applied Biosystems® 7500 Fast 实时荧光定量仪(96 孔板,20 µl 反应体系)。在上述条件下,Luna 和 TaqPath 对 N1 靶标的扩增结果都很好。对于 N2 靶标,尽管 TaqPath 可检测 10 个拷贝样品,但线性度并不理想,而 Luna 线性度更好,且 Cq 值出现更早。
Luna 通用探针一步法 RT-qPCR 4X 预混液,含 UDG 结合了热启动 Taq DNA 聚合酶和具有新型温启动活性的反转录酶,可通过基于适配体的可逆抑制来双重控制酶的活性,这种温控活化机制可避免热循环前的非特异引物结合和扩增,从而让室温建立体系更安全。经改造的 Luna 温启动反转录酶具有更高的热稳定性,最佳反应温度为 55°C。
图 7:Luna RT-qPCR 预混液的室温稳定性让实验流程更灵活
使用 Luna 通用探针一步法 RT-qPCR 4X 预混液,含 UDG 对2019-nCoV_N1(HEX)和 2019-nCoV_N2(FAM)进行单重(SP)和多重(MP)RT-qPCR,实验设置参照 E3019 产品说明书。使用 TaqPath 1-Step RT-qPCR Master Mix, CG 对 2019-nCoV_N1(FAM)和 2019-nCoV_N2(FAM)进行单重 RT-qPCR,实验设置参照美国疾控中心 2019-nCoV 实时 RT-PCR 诊断指南。实验样品:将 Twist 公司合成的 SARS-CoV-2 RNA 对照 2 掺入到 10 ng Jurkat 总 RNA 中,实验评估了样品 5-log 浓度范围(100,000-10 拷贝)的扩增结果。上机前,将 RT-qPCR 反应体系分别室温孵育 0、2、5、24 小时。实验仪器为 Applied Biosystems® 7500 Fast 实时荧光定量仪(96 孔板,20 µl 反应体系)。结果显示 Luna 通用探针一步法 RT-qPCR 预混液孵育 0-24 小时的实验结果一致,而 TaqPath 孵育 2 小时后,Cq值延迟≥1,实验效果随孵育时间的延长而下降。
使用 LunaScript 反转录预混液试剂盒(无引物)将 1 μg Jurkat 总 RNA 反转录成 cDNA,引物为 d(T))23VN,使用标准反应条件 55℃ 孵育 10 分钟,95℃ 孵育 1 分钟。之后使用不同 PCR 扩增试剂对 cDNA 产物进行检测。对于 5 kb以内的常规应用,建议使用 OneTaq 2X 预混液(NEB #M0482);对于高保真扩增,建议使用 Q5 热启动超保真 2X 预混液(NEB #M0494);对于长片段高产量扩增,建议使用 LongAmp Taq 2X 预混液(NEB #M0287)(数据未显示)
无需纯化,直接从细胞到 RNA 定量
• 试剂盒包含 100 次裂解反应和 500 次染料一步法 RT-qPCR 反应
• 有效裂解多种细胞系的 10 至 10 万个细胞
• 仅需 15 分钟即可完成细胞裂解、RNA 释放和基因组 DNA 去除
• 联合使用 LunaWarmStart® RT 和 Hot Start Taq,提高了热稳定性,且可在室温下建立反应体系
• 可单独购买裂解模块:Luna Cell Ready 裂解模块(NEB#E3032)
Luna Cell Ready 染料一步法 RT-qPCR 试剂盒为直接染料法 RNA 检测和定量提供了所有必要的组分,且无需进行 RNA 提取和纯化。Luna Cell Ready 染料一步法 RT-qPCR 试剂盒包括:1)Luna Cell Ready 裂解模块(NEB#E3032S)和 2)Luna 通用一步法 RT-qPCR Kit(NEB#E3005L)。
细胞培养常用于替代活体生物来分析基因表达或对治疗的反应。传统上使用柱提法或化学试剂法从处理过的细胞中提取和纯化 RNA。
Luna Cell Ready 裂解模块整合了 DNase I 和 Luna Cell Ready 蛋白酶的功能,仅需 15 分钟即可完成细胞裂解、RNA 释放和基因组 DNA 去除。裂解模块包含独特的 Luna Cell Ready RNA 保护试剂,可在细胞裂解过程中保持 RNA 完整性。50 µl 裂解体系下可对 10-10 万个细胞进行裂解反应。2 µl 裂解产物 (相当于 0.2–4000 个细胞的 RNA) 即可实现 20 µl 体系的 RT-qPCR 反应。与其它 Luna 产品一样,裂解缓冲液包含惰性蓝色示踪染料,使整个加样流程可视化。
Luna 通用一步法 RT-qPCR 试剂盒可兼容大多数实时荧光定量仪器的 SYBR/FAM 荧光通道,进行目标 RNA 的实时定量分析。在该试剂盒中,联合使用热启动 Taq DNA 聚合酶与新型 Luna WarmStart 反转录酶,通过适配体可逆抑制来双重控制酶活性。Luna 通用一步法 RT-qPCR 试剂盒可以直接将 Luna Cell Ready 裂解模块制备的细胞裂解物中的 RNA 转录本进行检测和定量。
下表列出的细胞系可使用 Luna Cell Ready 裂解模块裂解。这些细胞进行 5 log 梯度稀释(100000-10 细胞/50 µl 裂解反应),并取 1 ul 裂解产物进行 20 µl 体系的一步法 RT-qPCR 反应。每个细胞系的线性结果区域显示在最后一列。此外,经测试一些昆虫细胞系也能用上述裂解液裂解。
细胞系 |
|
特性 |
菌种 |
50 ml 裂解体系中的细胞数量 |
A549 |
Adherent |
H. sapiens, Lung, carcinoma |
10 – 100,000 |
HEK293 |
Adherent |
H. sapiens, Kidney |
10 – 100,000 |
HeLa |
Adherent |
H. sapiens, Cervix, adenocarcinoma |
10 – 100,000 |
HepG2 |
Adherent |
H. sapiens, Liver, carcinoma |
10 – 100,000 |
NCI-H460 |
Adherent |
H. sapiens, Lung, carcinoma |
10 – 100,000 |
SK-N-SH |
Adherent |
H. sapiens, Brain, Neuroblastoma |
10 – 100,000 |
U2Os |
Adherent |
H. sapiens, Bone, osteosarcoma |
10 – 10,000 |
Jurkat |
Suspension |
H. sapiens, T lymphocyte, leukemia |
10 – 100,000 |
K-562 |
Suspension |
H. sapiens, Lymphoblast, leukemia |
10 – 1,000 |
图一:Luna Cell Ready 一步法 RT-qPCR 实验流程
Luna Cell Ready 一步法 RT-qPCR 试剂盒提供了直接从细胞(50 µl 体系可裂解高达 10 万个细胞)到 RNA 检测和定量的所有组分。Luna Cell Ready 裂解模块整合了 DNase I 和 Luna Cell Ready 蛋白酶的功能,仅需 15 分钟即可完成细胞裂解、RNA 释放和基因组 DNA 去除。2 µl 裂解产物(相当于 0.2–4000 个细胞中的 RNA)即可实现 20 µl 体系的 RT-qPCR 反应。
图二:Luna Cell Ready 染料一步法 RT-qPCR 试剂盒可直接对 5-log 梯度稀释细胞的裂解物进行灵敏精准的 RNA 定量
梯度稀释的 A549 细胞(100,000-10)使用标准反应条件(37°C 裂解 10 分钟,25°C 灭活 5 分钟),在 50 µl 的 Luna Cell Ready 裂解体系(NEB#E3032)中裂解。使用 Luna 通用一步法 RT-qPCR 试剂盒(NEB#E3005)加入 1 μl 细胞裂解物(相当于 20 μl RT-qPCR 反应体系中 0.2-2,000 个细胞)对目的基因(GOI)进行定量,每个浓度的样品都做了重复。结果展示了两个高频靶标(A):β-actin 和一个低频靶标(B):SMG1。右图展示了扩增效率(E)和线性关系(R2)。
图三:Luna Cell Ready 染料一步法 RT-qPCR 试剂盒与提纯 RNA 均可对 5-logs 细胞梯度样品进行精准可信的 RNA 定量
梯度稀释的 A549 细胞(100,000-10)使用标准反应条件(37°C 裂解 10 分钟,25°C 灭活 5 分钟),在 50 µl 的 Luna Cell Ready 裂解体系(NEB#E3032)中裂解,也可使用柱提法提纯 RNA。A.使用 Luna 通用一步法 RT-qPCR 试剂盒(NEB#E3005)对目的基因(GOI)进行定量,加入 1 μl 细胞裂解物(实心圆)或纯化的 RNA(空心圆)(相当于 20 µl RT-qPCR 反应中有 0.2-2,000 个细胞),每个浓度的样品都做了重复。左图:在 5-logs 细胞梯度中检测高频靶标 β-actin和两个低频靶标 ARF3 和 Tubulin。每个靶标的扩增效率在图中左下方显示。B.在 A 图中 5-log 细胞梯度稀释样品的目标基因相对于 β-actin 的 Cq 值(ΔCq(GOI)),平均 Cqs 通过横线指示。
图四:Luna Cell Ready 染料一步法 RT-qPCR 试剂盒的扩增效率及灵敏度均优于其它市售的细胞裂解一步法 RT-qPCR 试剂盒。
梯度稀释的 A549 细胞(100,000-10)使用标准反应条件,在 50 µl 的 Luna Cell Ready 裂解体系(NEB#E3032)中裂解。相同的样品使用 Bio-Rad(SingleShot SYBR Green One-Step Kit, #172-5095)、Qiagen(SingleShot SYBR Green One-Step Kit, #172-5095)和 Thermo Fisher(Cells-to-CT 1-Step PowerSYBR Green Kit, A25600)并分别按照厂家说明书进行裂解。然后使用每个试剂盒中的一步法 RT-qPCR 模块,加入 1 μl 细胞裂解物(相当于 20 μl RT-qPCR 反应体系中 0.2-2,000 个细胞),对目的基因进行定量,每个浓度的样品都做了重复。对于所有试剂盒,5-log 梯度稀释细胞均显示了 β-actin,(高频靶标)和 RPL32、Tubulin (低频靶标)的扩增。为了使结果标准化,将总荧光的 12% 设置为阈值。图中显示了扩增效率(E)及最高与最低的 Cq 值。
图五:对 24 个靶标测试显示,Luna Cell Ready 染料一步法 RT-qPCR 试剂盒与其它市售的细胞裂解一步法 RT-qPCR 试剂盒相比,灵敏度最高。
2500 个 A549 细胞,使用标准反应条件,在 50 µl 的 Luna Cell Ready 裂解体系(NEB#E3032)中裂解。或使用市售的 Bio-Rad(SingleShot SYBR Green One-Step Kit, #172-5095)、Qiagen(SingleShot SYBR Green One-Step Kit, #172-5095)和 Thermo Fisher(Cells-to-CT 1-Step PowerSYBR Green Kit, A25600)并分别按照厂家说明书进行裂解。每个试剂盒做两个生物重复。然后使用来自每个试剂盒的一步法 RT-qPCR 模块,加入 1 μl 细胞裂解物(相当于 20 µl RT-qPCR 反应中 50 个细胞),对 24 个目标基因进行定量,每个生物样品均做重复。结果显示了 NEB (实心橙色圆圈),BioRad(空心正方形),Qiagen(空心三角形)和 Thermo Fisher(十字形)的平均 Cqs。为了使结果标准化,将总荧光的 12% 设置为阈值。Luna Cell Ready 染料一步法 RT-qPCR 试剂盒显示了不同表达水平下 23/24 的基因 Cq 值最早,平均比 Bio-Rad 快2.3 Cq,比 Qiagen 快 3.8 Cq,比 Thermo Fisher 快 3.6 Cq。
随该产品提供的试剂
储存(°C) |
|
浓度 |
|
Luna Cell Ready Lysis Buffer |
-20 |
2 X |
Luna Cell Ready RNA Protection Reagent |
-20 |
25 X |
Luna Cell Ready Protease |
-20 |
25 X |
Luna Cell Ready Stop Solution |
-20 |
10 X |
DNase I (RNase-free) |
-20 |
10 X |
Luna® WarmStart® RT Enzyme Mix |
-20 |
20 X |
Luna® Universal One-Step Reaction Mix |
-20 |
2 X |
Nuclease-free Water |
-20 |
实验需要但不提供的试剂耗材
• 磷酸盐缓冲液(PBS)
• 目标特异性引物
• 细胞
• Eppendorf 管,PCR 联管
• PCR 板
• qPCR 仪器
• 移液器和枪头(为减少交叉污染,应使用带滤芯的枪头)
储存温度
-20℃
无需纯化,直接从细胞到 RNA 定量
• 试剂盒包含 100 次裂解反应和 500 次探针一步法 RT-qPCR 反应
• 有效裂解多种细胞系的 10 至 10 万个细胞
• 仅需 15 分钟即可完成细胞裂解、RNA 释放和基因组 DNA 去除
• 配合使用 LunaWarmStart® RT 和 Hot Start Taq,提高了热稳定性且可在室温下建立反应体系
• 可单独购买裂解模块:Luna Cell Ready 裂解模块(NEB#E3032)
Luna Cell Ready 探针一步法 RT-qPCR 试剂盒为直接探针法 RNA 检测和定量提供了所有必要的组分,且无需进行 RNA 提取和纯化。Luna Cell Ready 探针一步法 RT-qPCR 试剂盒包含两个模块:1)Luna Cell Ready 裂解模块(NEB#E3032S)和 2)Luna 通用探针一步法 RT-qPCR Kit(NEB#E3006L)。
细胞培养常用于替代活体生物来分析基因表达或对治疗的反应。传统上使用柱提法或化学试剂法从处理过的细胞中提取和纯化 RNA。
Luna Cell Ready 裂解模块整合了 DNase I 和 Luna Cell Ready 蛋白酶的功能,仅需 15 分钟即可完成细胞裂解、RNA 释放和基因组 DNA 去除。裂解模块包含独特的 Luna Cell Ready RNA 保护试剂,可在细胞裂解过程中保持 RNA 完整性。50 µl 裂解体系下可对 10-10 万个细胞进行裂解反应。2 µl 裂解产物 (相当于 0.2–4000 个细胞的 RNA) 即可实现 20 µl 体系的 RT-qPCR 反应。与其它 Luna 产品一样,裂解缓冲液包含惰性蓝色示踪染料,使整个加样流程可视化。
Luna 通用探针一步法 RT-qPCR 试剂盒可兼容大多数实时荧光定量仪器的各个通道,进行目标 RNA 的实时定量分析。在该试剂盒中,联合使用热启动 Taq DNA 聚合酶与新型 Luna WarmStart 反转录酶,通过适配体可逆抑制来双重控制酶活性。Luna 通用探针一步法 RT-qPCR 试剂盒可以直接将 Luna Cell Ready 裂解模块制备的细胞裂解物中的 RNA 转录本进行检测和定量(单重或多重)。
下表列出的细胞系可使用 Luna Cell Ready 裂解模块裂解。这些细胞进行 5 log 梯度稀释(100000-10 细胞/50 µl 裂解反应),并取 1 ul 裂解产物进行 20 µl 体系的一步法 RT-qPCR 反应。每个细胞系的线性结果区域显示在最后一列。此外,经测试一些昆虫细胞系也能用上述裂解液裂解。
表一:经验证过的细胞系
细胞系 |
|
特性 |
菌种 |
50 ml 裂解体系中的细胞数量 |
A549 |
Adherent |
H. sapiens, Lung, carcinoma |
10 – 100,000 |
HEK293 |
Adherent |
H. sapiens, Kidney |
10 – 100,000 |
HeLa |
Adherent |
H. sapiens, Cervix, adenocarcinoma |
10 – 100,000 |
HepG2 |
Adherent |
H. sapiens, Liver, carcinoma |
10 – 100,000 |
NCI-H460 |
Adherent |
H. sapiens, Lung, carcinoma |
10 – 100,000 |
SK-N-SH |
Adherent |
H. sapiens, Brain, Neuroblastoma |
10 – 100,000 |
U2Os |
Adherent |
H. sapiens, Bone, osteosarcoma |
10 – 10,000 |
Jurkat |
Suspension |
H. sapiens, T lymphocyte, leukemia |
10 – 100,000 |
K-562 |
Suspension |
H. sapiens, Lymphoblast, leukemia |
10 – 1,000 |
图一:Luna Cell Ready 一步法 RT-qPCR 实验流程
Luna Cell Ready 一步法 RT-qPCR 试剂盒提供了直接从细胞(50 µl 体系可裂解高达 10 万个细胞)到 RNA 检测和定量的所有组分。Luna Cell Ready 裂解模块整合了 DNase I 和 Luna Cell Ready 蛋白酶的功能,仅需 15 分钟即可完成细胞裂解、RNA 释放和基因组 DNA 去除。2 µl 裂解产物(相当于 0.2–4000 个细胞中的 RNA)即可实现 20 µl 体系的 RT-qPCR 反应。
图二:Luna Cell Ready 探针一步法 RT-qPCR 试剂盒可直接对 5-log 梯度稀释细胞的裂解物进行灵敏精准的 RNA 定量
梯度稀释的 A549 细胞(100,000-10)使用标准反应条件(37°C 裂解 10 分钟,25°C 灭活 5 分钟),在 50 µl 的 Luna Cell Ready 裂解体系(NEB#E3032)中裂解。使用 Luna 通用探针一步法 RT-qPCR 试剂盒(NEB#E3006),加入 1 μl 细胞裂解物(相当于 20 μl RT-qPCR 反应体系中 0.2-2,000 个细胞)对目的基因进行定量,每个浓度的样品都做了重复。结果展示了两个高频靶标:β-actin(Texas Red)和 GAPDH(FAM),一个低频靶标:RPL32(HEX),的多重结果(A)和单重结果(B),以及相应的扩增效率(E)和线性关系(R2)。(C)所有三个目标的多重和单重的 Cq 叠加证明了这些结果的一致性。
三:Luna Cell Ready 探针一步法 RT-qPCR 试剂盒与提纯 RNA 均可对 5-logs 细胞梯度样品进行精准可信的 RNA 定量
梯度稀释的 A549 细胞(100,000-10)使用标准反应条件(37°C 裂解 10 分钟,25°C 灭活 5 分钟),在 50 µl 的 Luna Cell Ready 裂解体系(NEB#E3032)中裂解,也可使用柱提法提纯 RNA。A.使用 Luna 通用探针一步法 RT-qPCR 试剂盒(NEB#E3006)对目的基因进行定量,加入 1 μl 细胞裂解物(实心圆,左)或纯化的 RNA(空心圆,右)(上样量相当于 20 µl RT-qPCR 反应中有 0.2-2,000 个细胞),每个浓度的样品都做了重复。在 5-logs 细胞梯度中检测高频靶标 β-actin 和两个低频靶标 ARF3 和 Tubulin。每个靶标的扩增效率在图中左下方显示。
图四:Luna Cell Ready 染料一步法 RT-qPCR 试剂盒的扩增效率及灵敏度均优于其它市售的细胞裂解一步法 RT-qPCR 试剂盒。
梯度稀释的 A549 细胞(100,000-10)使用标准反应条件,在 50 µl 的 Luna Cell Ready 裂解体系(NEB#E3032)中裂解。相同的样品使用 Bio-Rad(SingleShot™ Probes One-Step Kit for Cell Lysis and RT-qPCR, #172-5070)、Qiagen(FastLane Cell Probe Kit, #216413)和 Thermo Fisher(Cells-to-CT 1-Step TaqMan Kit, A25603)并分别按照厂家说明书进行裂解。然后使用每个试剂盒中的一步法 RT-qPCR 模块,加入 1 μl 细胞裂解物(相当于 20 μl RT-qPCR 反应体系中 0.2-2,000 个细胞),对目的基因进行定量,每个浓度的样品都做了重复。5-log 梯度稀释的细胞通过多重实验测试了 β-actin (Tye)、GAPDH (FAM)和 RPL32 (Cy5)的扩增。为了使结果标准化,将每个试剂盒总荧光值的 10%(Tye)、5%(FAM)、15%(Cy5)设置为阈值。图中显示了扩增效率(E)及最高与最低的 Cq 值。
随该产品提供的试剂
储存(°C) |
浓度 |
|
Luna Cell Ready Lysis Buffer |
-20 |
2 X |
Luna Cell Ready RNA Protection Reagent |
-20 |
25 X |
Luna Cell Ready Protease |
-20 |
25 X |
Luna Cell Ready Stop Solution |
-20 |
10 X |
DNase I (RNase-free) |
-20 |
10 X |
Luna® WarmStart® RT Enzyme Mix |
-20 |
20 X |
Luna® Universal Probe One-Step Reaction Mix |
-20 |
2 X |
Nuclease-free Water |
-20 |
实验需要但不提供的试剂耗材
• 磷酸盐缓冲液(PBS)
• 目标特异性引物
• 细胞
• Eppendorf 管
• PCR联管
• PCR 板
• qPCR 仪器
• 移液器和枪头(为减少交叉污染,应使用带滤芯的枪头)
储存温度
-20℃
细胞培养常用于替代活体生物来分析基因表达或对治疗的反应。传统上使用柱提法或化学试剂法从处理过的细胞中提取和纯化 RNA.Luna Cell Ready 裂解模块无需进行传统的 RNA 提取步骤即可评估RNA表达水平,是一种快速、方便且灵敏的替代方案。该模块可同时进行细胞裂解、RNA 释放、基因组 DNA 去除,获得的细胞裂解物可直接使用Luna通用一步法 RT-qPCR 试剂盒进行 RT-qPCR 分析。与其它 Luna 产品一样,裂解缓冲液包含惰性蓝色示踪染料,使整个加样流程可视化。
下表列出的细胞系可使用 Luna Cell Ready 裂解模块裂解。这些细胞进行 5 log 梯度稀释(100000-10 细胞/50 µl 裂解反应),并取 1 ul 裂解产物进行 20 µl 体系的一步法 RT-qPCR 反应。每个细胞系的线性结果区域显示在最后一列。此外,经测试一些昆虫细胞系也能用上述裂解液裂解。
表一:经验证过的细胞系
细胞系 |
特性 |
菌种 |
50 ml 裂解体系中的细胞数量 |
A549 |
Adherent |
H. sapiens, Lung, carcinoma |
10 – 100,000 |
HEK293 |
Adherent |
H. sapiens, Kidney |
10 – 100,000 |
HeLa |
Adherent |
H. sapiens, Cervix, adenocarcinoma |
10 – 100,000 |
HepG2 |
Adherent |
H. sapiens, Liver, carcinoma |
10 – 100,000 |
NCI-H460 |
Adherent |
H. sapiens, Lung, carcinoma |
10 – 100,000 |
SK-N-SH |
Adherent |
H. sapiens, Brain, Neuroblastoma |
10 – 100,000 |
U2Os |
Adherent |
H. sapiens, Bone, osteosarcoma |
10 – 10,000 |
Jurkat |
Suspension |
H. sapiens, T lymphocyte, leukemia |
10 – 100,000 |
K-562 |
Suspension |
H. sapiens, Lymphoblast, leukemia |
10 – 1,000 |
图一:Luna Cell Ready 一步法 RT-qPCR 实验流程
Luna Cell Ready 裂解模块整合了 DNase I 和 Luna Cell Ready 蛋白酶的功能,可简单高效的进行细胞裂解,仅需 15 分钟即可完成细胞裂解、RNA 释放和基因组 DNA 去除。2 µl 裂解产物(相当于 0.2–4000 个细胞中的 RNA)即可实现 20 µl 体系的 RT-qPCR 反应。
试剂盒组分
随该产品提供的试剂
储存(°C) |
浓度 |
|
Luna Cell Ready Lysis Buffer |
-20 |
2 X |
Luna Cell Ready RNA Protection Reagent |
-20 |
25 X |
Luna Cell Ready Protease |
-20 |
25 X |
Luna Cell Ready Stop Solution |
-20 |
10 X |
DNase I (RNase-free) |
-20 |
10 X |
实验需要但不提供的试剂耗材
储存温度
-20℃
快速、灵敏、精确的实时荧光染料定量检测 DNA 和 cDNA
使用实时荧光染料定量 PCR 时,最常用的荧光染料是 SYBR® Green I,后者与双链 DNA 结合,检测每个 PCR 循环中的 DNA 扩增情况。Cq 值是循环数量值,即检测到的荧光信号超过背景本底信号域值所经历的循环数,该 Cq 值可用于评估两个或两个以上的样本之间的相对丰度,也可以与已知浓度系列稀释的标准曲线进行对比,读取样本绝对值。
NEB Luna Universal qPCR Master Mix 是经过优化的 2X 预混液,可以用于实时定量 PCR检测和目标 DNA 的定量,适用于具有 SYBR®/FAM 通道的大部分 qPCR 设备。预混液含有热启动 Taq DNA 聚合酶及独特校正染料,与一系列 qPCR 设备兼容;预混液中使用了 dUTP,以防止产物残留污染;预混液中还加有非荧光染料,便于建立反应时进行肉眼观察,该染料的光谱与 qPCR 荧光染料不重叠,因此不会影响到实时检测数值。
预混液为 2X,包含除了模板和引物以外,用于 PCR 扩增和定量检测的所有组分。可以使用商业化的 qPCR 分析引物,用 Luna qPCR 产品进行基因组 DNA 或者 cDNA 的定量分析。
图表一:NEB 的 Luna Universal qPCR Master Mix 为 qPCR 带来更高灵敏度及可重复性
使用 Luna Universal qPCR Master Mix 检测目标中 GAPDH 基因的表达情况,模板为 6个分别 10 倍稀释的 Jurkat cDNA (20 ng – 0.2 pg),每个浓度的样品做8个复孔。cDNA 是使用 NEB Protoscript® II First Strand cDNA Synthesis Kit (NEB #E6560) 从 Jurkat 的总 RNA 反转录得来。
图表二:NEB 的 Luna Universal qPCR Master Mix 为不同来源的 DNA 都能提供更高灵敏度和精确度的检测和定量
Luna Universal qPCR Master Mix 可以检测不同来源的基因组 DNA。使用 ABI 7500 快速荧光定量仪器,50 ng – 0.5 pg 的基因组 DNA 对目标进行实时定量检测。基因组 DNA使用传统的柱纯化方法纯化。无论从小鼠肾脏的基因组检测 ACTB 基因、烟草基因组 DNA 检测 psbB 基因、还是从酵母基因组 DNA 中检测 rdn18S,Luna 产品都有非常优秀的表现。
图表三:通过与市场上基于染料的 qPCR 试剂对比,NEB 的 Luna 产品体现出了更优的稳定性和特异性
使用 NEB 公司和其它供应商的试剂,分别对来自于 Jurkat 基因组 DNA或 Jurkat cDNA不同丰度、长度和 GC 含量的 16-18 个目的基因进行检测(使用 Bio-Rad 机器检测 10 个基因组模板和 8 cDNA 模板,使用 ABI 的机器检测9个基因组模板和7 个 cDNA 模板)。每份检测结果由两个实验者根据厂商要求分别得到。使用反应效率、最低检测值以及无模板扩增来衡量结果(ΔCq = average Cq of lowest input – average Cq of non-template control)。此外,一致性、可重复性以及曲线的整体质量评估也作为实验的参考(标准分数)。上面的点状图展示了符合可接受的性能标准的百分比(绿框圈起来的点的标准分>3)。不同厂商的结果如上图所示,从左到右分别是:NEB;Bio-Rad, SsoAdvanced™ Universal SYBR® Green Supermix; Roche, FastStart™ SYBR Green Master; QIAGEN, QuantiTect® SYBR Green PCR Kit; ABI, PowerUP™ SYBR Green Master Mix; Promega®, GoTaq® qPCR Master Mix。NEB 的Luna Universal qPCR Master Mix 表现优于所有其它供应商试剂的结果。
1. 引物设计
使用相关软件(如 Primer 3)设计 qPCR 引物时,在减少非特异性扩增和引物二聚体的情况下提高扩增成功率。引物的 GC 含量为 40–60% 可以保证最大的扩增效率。在可能的情况下,尽可能多的输入目标周围区域序列,以便引物序列设计更加完善。使用检索功能,检索相关数据库以避免非特异性扩增。如果模板是 cDNA ,在设计引物的时候可以跨内含子区域来避免基因组的非特异性扩增。相反,如果引物设计在内含子区域则可以保证基因组区域的特异性扩增。
2. 引物浓度
对于大多数模板来说,引物的终浓度 250 nM 就可以达到要求。如果需要的话,引物的浓度可以在 100–500 nM 之间优化。
3. 扩增子长度
为了确保 qPCR 结果的成功和一致性,PCR 效率的最大化非常重要。其中一方面就是设计短的 PCR 产物(70-200 bp)。如果反应产物超出范围,可能需要对实验进行优化(比如增加延伸时间等)
4. 模板准备及相关浓度
Luna qPCR 试剂与通过典型的核酸纯化方法纯化的 DNA 样本都兼容。制备好的 DNA 可以长期稳定储存在包含 EDTA 的缓冲液中(如 1X TE),实验时使用 TE buffer 或者水进行稀释。
一般来说,标准品和未知样品的浓度范围应该在 1 个拷贝到 106 个拷贝之间。如果是大型基因组样本(如人类或老鼠的 gDNA)一般浓度为 50 ng-1 pg。如果是小型基因组样本,可以参考使用1 个拷贝到 106 个拷贝的浓度。对于单一样本的稀释,样本中需要包含多个拷贝和空白对照。对于 cDNA 样本,可以使用 1 μg–0.1 pg 的 RNA 的反转录产物。cDNA 样本不需要纯化,但是在使用之前需要至少稀释 10 倍
5. ROX 校正染料
有些实时定量设备建议使用校正染料(通常是 ROX)来校正由于气泡、微小的体积差别、管与管之间的差异及反应过程中尘埃或者微粒的自发荧光造成的反应差距。Luna Universal qPCR Master Mix 包含了通用型的校正染料,可以兼容不需要使用校正染料以及需要使用低浓度或者高浓度校正染料(ROX)的一系列的荧光定量检测仪器。因此,在使用这些仪器进行 qPCR 实验时,不需要额外的组分。
6. 预防污染
qPCR 是一种非常灵敏的检测方法,前个 qPCR 产物污染下一个样本会带来一系列的问题,如假阳性及灵敏度的下降。防止污染的最好办法就是严格按照程序操作,避免扩增后的开盖。为了进一步满足预防交叉污染的要求,Luna Universal qPCR Master Mix 中包含了 dUTP/dTTP,从而可以在扩增过程中将 U 掺入到 DNA 产物中。qPCR 前使用尿嘧啶 DNA 糖基化酶(UDG)进行预先处理,就可以水解含有尿嘧啶的产物,以防止污染后续试验。使用能够完全失活的 UDG 是至关重要的,否则 UDG 会破坏新合成的 qPCR 产物。
为了避免产物携带污染,在反应体系中加入终浓度为 0.025 units/μl 的南极热敏 UDG(NEB #M0372)。欲将污染的可能性降到最低,最好在室温下建立反应或者在变性步骤前加上
25℃ 温育 10 分钟
7. 反应条件设定
由于聚合酶的热启动性,在实验前不需要预热机器,也不需要在冰上加样。
如果使用96 孔板,建议使用 20 μl 反应体积。
如果使用 384 孔板,建议使用 10 μl 反应体积。在设定仪器的循环条件时,保证在延伸结束时包含一次读板并在循环结束后生成溶解曲线以分析产物的特异性。
大部分应用分析反应 40 个循环就可以,低起始量的样本可以反应 45 个循环。
LunaScript 反转录 SuperMix 为优化的反转录预混液,可用于第一链 cDNA 合成、扩增子测序,以及两步法 RT-qPCR。该预混液含有具备热稳定特性的 Luna 反转录酶,可在更高温下合成 cDNA。试剂盒还提供小鼠 RNase 抑制剂,以保护模板 RNA 免受降解。LunaScript 反转录 SuperMix 预混液含有随机六聚体引物,Oligo-dT 引物,可均匀覆盖整个 RNA 靶标。此外,预混液还包含蓝色染料,可在两步法 RT-qPCR 起到示踪作用。样品起始量从高达 1 µg 到低至单拷贝 RNA,均能得到稳健、线性和灵敏的检测结果。
LunaScript 反转录预混液试剂盒(无引物) (NEB #E3025) 包含除引物外,第一链 cDNA 合成所需的所有组分,适用于 RT-PCR、RNA-seq 及其它应用。该预混液与随机引物、oligo dT 引物以及基因特异性引物兼容,让 cDNA 合成更灵活。更多信息请点击 https://www.neb.cn/products/e3025-lunascript-rt-master-mix-kit-primer-free
与 LunaScript 试剂盒版本 (NEB #E3010) 相比,该 LunaScript 预混液版本不含无核酶水和 No-RT 对照。更多信息如下:
图 1:LunaScript 产品比较
图 2:一步法和两步法 RT-qPCR 产品选择
图 3:LunaScript® SuperMix 反转录预混液在两步法 RT-qPCR 实验中展现了出色的灵敏度、线性关系和重复性
在 20 μl 反应体系中,使用 1 X LunaScript 反转录 SuperMix预混液,在标准反应条件下(25℃/2 分钟,55℃/10 分钟,95℃/1 分钟)将 RNA 反转录为 cDNA。然后使用 1 μl cDNA 作为模板和 Luna 通用 qPCR 预混液(NEB#M3003)进行 qPCR 定量,每种浓度做三个重复。
A. 将梯度稀释的 Jurkat 总 RNA(1 μg–1 pg)反转录为 cDNA,然后对 β-actin 进行 qPCR 定量。
B. ERCC 对照(External RNA Controls Consortium)mix1 RNA 包含 50 – 5×109 拷贝的ERCC00130(10 fg–~10 ng),反转录为 cDNA 后进行 qPCR 进行定量。
图 4:LunaScript 反转录 SuperMix 预混液可覆盖长转录本
在标准反应条件(25℃/2 min、55℃/10 min、95℃/1 min)下,20 μl反应体系中,使用 1X LunaScript 反转录 SuperMix 预混液,将 Jurkat 总 RNA (1 μg – 1 ng) 反转录为 cDNA。取 1 μl cDNA 产物做为模板,使用 Luna 通用 qPCR 预混液 (NEB #M3003) 和覆盖 HERC1 整个 15.2 kb 转录本的 8 对引物,对 cDNA 覆盖度进行 qPCR 评估。结果显示:所有扩增靶标在每个上样浓度的重复实验中,均有良好扩增。
图 5:LunaScript 反转录 SuperMix 预混液对 RNA 靶标展现了出色的线性检测能力
使用市售的 cDNA 合成预混液,根据各厂商产品说明书,将 100 pg–1 μg 人(Jurkat)总 RNA 反转录为 cDNA。然后通过 8 个靶标(丰度、长度和 GC 含量不同)的 qPCR 结果对 cDNA 产物进行评估。使用 Luna 通用 qPCR 预混液(NEB#M3003)或 Luna 通用探针法 qPCR 预混液(NEB#M3004)进行 qPCR 检测。结果评估了扩增效率和 ΔCq,其中 ΔCq 衡量低起始量检测和缺乏无模板对照(NTC)扩增(ΔCq = NTC 的平均 Cq–最低起始量的平均 Cq)。绿色框表示目标扩增表现(效率 = 90-110%,ΔCq≥3)。
了解更多“Dots in Boxes”可视化荧光定量评价方法,请登陆:https://www.neb.cn/tools-and-resources/video-library/dots-in-boxes-visualization-of-qpcr-data
图 6:LunaScript 反转录 SuperMix 预混液的第一链 cDNA 合成时间最短,仅需 13 分钟。
比较了不同厂家的 cDNA 合成方案。LunaScript 反转录 SuperMix 预混液需要的反应时间最短,并可以耐受高温,避免了 RNA 复杂二级结构的影响。
图 7:LunaScript 反转录 SuperMix 预混液在室温条件下稳定性极佳
LunaScript 反转录 SuperMix 预混液与其它市售反转录产品在 25℃条件下放置 15 天,之后在说明书推荐反应条件下,以 100 pg–1 μg 人总 RNA (Jurkat) 为模板,反转录成为 cDNA。使用 Luna 通用 qPCR 预混液(NEB#M3003)对 8 个不同丰度、长度和 GC 含量的靶标进行 qPCR 检测。结果评估了扩增效率和 ΔCq,其中 ΔCq 衡量低起始量检测和缺乏无模板对照(NTC)扩增(ΔCq = NTC 的平均 Cq – 最低起始量的平均 Cq)。绿色框表示目标扩增表现(效率 = 90-110%,ΔCq≥3)。