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TAMRA phosphoramidite, 5-isomer

This phosphoramidite is used for synthesis of oligonucleotides 5’-labeled with TAMRA.

TAMRA (carboxytetramethylrhodamine) is a xanthene dye from the rhodamine family with emission in the orange spectrum range (maximum at 563 nm). This fluorophore is traditionally used as a FRET-acceptor (and a quencher) in a pair with fluorescein (FAM) due to significant overlapping of their spectra. Thus, this phosphoramidite is convenient for the synthesis of dual-labeled probes TaqMan, which contain 5’-terminal TAMRA and FAM in the middle of the sequence or at the 3’-end (using Fluorescein dT Phosphoramidite and FAM CPG, respectively).

TAMRA 5’-labeled oligonucleotides are commonly used for quantitative PCR and fragment analysis (for example, for microsatellite marker analysis) because the equipment available has a detection channel for TAMRA frequently.

The TAMRA dye is not stable in the presence of ammonium and sterically non-hindered primary amines, so it is strongly recommended to follow specified conditions for labeled oligonucleotide deprotection.

该亚磷酰胺用于合成 5′ 标记的 TAMRA 寡核苷酸。

TAMRA（羧基四甲基罗丹明）是罗丹明家族的一种呫吨染料，在橙色光谱范围内发射（最大波长为 563 nm）。这种荧光团传统上用作 FRET 受体（和猝灭剂），与荧光素 (FAM) 成对使用，因为它们的光谱有显着重叠。因此，这种亚磷酰胺便于合成双标记探针 TaqMan，该探针在序列中间或 3′ 端含有 5′-末端 TAMRA 和 FAM（分别使用荧光素 dT 亚磷酰胺和 FAM CPG）。

TAMRA 5′ 标记的寡核苷酸通常用于定量 PCR 和片段分析（例如，用于微卫星标记分析），因为可用的设备经常具有 TAMRA 检测通道。

TAMRA 染料在存在铵和空间位阻伯胺时不稳定，因此强烈建议遵循特定条件进行标记的寡核苷酸脱保护。

Usage

Coupling: 7.5 min.

Deprotection: tret-buthylamine : methanol : water 1 : 1 : 3 (v/v/v) («TAMRA cocktail») for 6 hours at 60 °C, then cool down to room temperature.

Due to complete and irreversible degradation of the TAMRA dye, do NOT use aqueous ammonium and AMA for deprotecting a modified oligonucleotide from the solid-phase support.

耦合：7.5 分钟。

脱保护：三丁胺：甲醇：水 1 : 1 : 3 (v/v/v)（《TAMRA 鸡尾酒》）在 60°C 下 6 小时，然后冷却至室温。

由于 TAMRA 染料会完全且不可逆地降解，因此请勿使用铵水溶液和 AMA 将修饰的寡核苷酸从固相载体上脱去保护。

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Long trebler phosphoramidite

Long trebler phosphoramidite is a branching reagent for oligonucleotide synthesis allowing to synthesize branched DNA structures using a standard DNA synthesizer.

长高音亚磷酰胺是一种用于寡核苷酸合成的支化试剂，允许使用标准 DNA 合成仪合成支化的 DNA 结构。

After the condensation of the trebler, three DNA branches begin to grow simultaneously with each step of the synthesis. Deblock of this construct gives rise to DNA containing a branching point. One arm (stem) is attached to the branch point with its 5′-end, and other arms (branches) are attached with their 3′-ends. Reverse amidites can be used to prepare constructs with different branch orientations. Repetitive condensations of trebler results in formation of DNA dendrimers.

Trebler amidite can be used to attach several modifier amidites to the 5′-end of an oligonucleotide – for example, three biotin residues can be attached at once.

This amidite does not require any special handling. Recommended coupling time is 5 minutes. No changes to deblock conditions are required.

高音凝聚后，三个DNA分支开始随着合成的每一步同时生长。 该构建体的解封产生包含分支点的DNA。 一个臂（茎）以其 5′ 端连接到分支点，其他臂（分支）以其 3′ 端连接。 反向亚酰胺可用于制备具有不同分支方向的构建体。 高音重复缩合导致DNA树枝状大分子的形成。

Trebler 亚酰胺可用于将几个修饰亚酰胺连接到寡核苷酸的 5′ 端 – 例如，可以一次连接三个生物素残基。

这种亚酰胺不需要任何特殊处理。 推荐的耦合时间为 5 分钟。 不需要改变去块条件。