使用反相HPLC对离子型化合物进行分析时，需要加酸或缓冲盐对流动相的pH进行调整。这是因为当选用的pH范围不合适时，可能会引起峰分叉或峰展宽等问题。即使峰形没有问题，也可能存在保留时间上的再现性问题。
关于保留时间再现性以安息香酸为例，进行说明。右图展示了安息香酸的保留因子k’和洗脱液的pH的关系。可以看到，洗脱液的pH值在3.5至4.5之间时，存在明显变化。安息香酸的pKa为4.2，由此可以得出结论：在pKa附近对k’有明显影响。当选用k’波动很大的pH范围做方法时，pH值轻微的配制误差都会引起试验结果再现性的问题。为此，对分析条件进行设定时，推荐设定洗脱液的pH与pKa差值最好大于1。对于不能判定pKa的情况，需对洗脱液的pH和保留时间的关系进行充分检讨，选择对分离影响比较小的pH值进行设定。
在进行梯度洗脱过程中，有时即使进空白也会出现无数小峰（见图（A））。将色谱柱取下进行同样的操作时，则无鬼峰（见图（B））。据此，很多人会认为这是由色谱柱引起的。实际上无论怎样清洗色谱柱或更换其它色谱柱，效果似乎都没有得到改善。因此，有必要考虑是否是因为色谱柱以外的原因引起的。根据经验，造成鬼峰的原因之一是流动相的水源问题。比如使用的水纯度级别不够或受污染的水。
在进行等度洗脱时没有问题，但进行梯度洗脱时却有可能会显现出问题。这是因为梯度洗脱时，由于初始时有机溶剂比例低，此时流动相中的杂质可能会被吸附积聚在色谱柱上，随梯度中有机溶剂比例的升高，积聚的杂质逐渐被洗脱出来，从而表现为鬼峰。由于此鬼峰的大小与流动相中杂质富集程度有关，故可利用此特点排查鬼峰是否来源于水相。
综上，进行梯度洗脱时，尤其需要注意溶剂的级别和管理。
在HPLC分析中当获得的数据不能获得良好再现性时，常倾向于认为是色谱柱引起的，但实际上有很大可能性存在系统的维护不够等柱以外原因。在此仅就选用的有机溶剂级别不同而造成的对峰形的影响为例进行介绍。
右图为选用乙腈/水为洗脱液，对碱性化合物分析的谱图。峰2为碱性化合物。图1是使用HPLC级乙腈测定的结果，图2是优级乙腈测定的结果（其它条件相同）。在使用HPLC级乙腈时表现为峰形较宽，而使用优级乙腈时，却得到了良好的峰形。同时，优级乙腈根据生产厂家的不同，获得的峰形也会存在差异。这可能是因为乙腈内存在微量杂质，如同向洗脱液中添加了缓冲盐一样起相似的作用。
当洗脱液更换为乙腈/5mM醋酸铵时，无论是优级乙腈、还是HPLC级都可以获得如图2相同的峰形。
因此为了避免由于溶剂级别对分析产生的影响，建议选用HPLC级用溶剂。同时，虽然有时使用不含酸或盐的洗脱液时也可将含可解离基团的化合物进行充分分离，但考虑到分析再现性时建议选用含有缓冲盐的溶剂进行分离。
