The NEBNext® End Repair Module has been optimized to convert 1 μg – 5μg of fragmented DNA to blunt-

ended DNA having 5´ phosphates, and 3´-hydroxyls. The module is optimized for use with the NEBNext dA-Tailing Module (NEB #E6053), and is part of the original standard DNA library prep workflow.

 NEBNext End Repair Enzyme Mix

 NEBNext End Repair Reaction Buffer

-20°C
 

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The NEBNext® dA-Tailing Module enables incorporation of a non-templated dAMP on the 3´ end of a blunt-ended DNA fragment. The module is optimized for use with the NEBNext dA-Tailing Module (NEB #E6053), and is part of the original standard DNA library prep workflow, which is suitable for 1 – 5 µg of input DNA.

 Klenow Fragment (3´→ 5´ exo–)

 NEBNext dA-Tailing Reaction Buffer

-20°C
 

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The NEBNext® Quick Ligation Module has been optimized to ligate efficiently DNA adaptors compatible

with Illumina® sequencing to end-repaired, dA-tailed DNA fragments. The module is optimized for use with the NEBNext End Repair Module (NEB #E6050) and the NEBNext dA-Tailing Module (NEB #E6053) and is part of the original standard DNA library prep workflow, which is suitable for 1 – 5 μg of input DNA.

 Quick T4 DNA Ligase

 NEBNext Quick Ligation Reaction Buffer

-20°C

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 –  RNA Sample Preparation
 –  Second Strand Synthesis of cDNA

The NEBNext Ultra II Non-Directional RNA Second Strand Synthesis Module has been optimized to generate double-stranded cDNA from first-strand cDNA, as part of the NEBNext non-directional RNA library preparation workflow. 

The NEBNext Ultra II Non-Directional RNA Second Strand Synthesis Module is Designed for Use with the

Following:

 –  NEBNext Ultra II RNA First Strand Synthesis Module (NEB #E7771)

 –  NEBNext Ultra II End Repair/dA-Tailing Module (NEB #E7546)

 –  NEBNext Ultra II Ligation Module (NEB #E7595)

 –  NEBNext Ultra™ II Q5^® Master Mix (NEB #M0544)

 –  NEBNext^® Oligos for Illumina^® (NEB #E7335, #E7500, #E7710, #E7730, #E6609, #E7600,

    #E7535,  #E7350)

NEBNext^® Second Strand Synthesis Enzyme Mix

NEBNext^® Second Strand Synthesis Reaction Buffer

The NEBNext® Magnesium RNA Fragmentation Module has been optimized to fragment RNA into small

pieces by incubation with Magnesium ions at 94˚C. Fragment size is controlled by incubation time (Figure 1), and the reaction is ended by the addition of NEBNext Fragmentation Stop Solution.

  NEBNext® RNA Fragmentation Buffer

  NEBNext RNA Fragmentation Stop Solution

停产通知：该产品已于 2020 年 09 月 30 日停产，推荐替代产品为 #E7400-NEBNext rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）或 #E7405-NEBNext rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）- 含 RNA 纯化磁珠

停产通知：该产品已于 2020 年 09 月 30 日停产，推荐替代产品为 #E7400-NEBNext rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）或 #E7405-NEBNext rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）- 含 RNA 纯化磁珠

NEBNext^® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）- 含 RNA 纯化磁珠

· 高效去除人、小鼠、大鼠 RNA 中的 rRNA

 高丰度的核糖体 RNAs（rRNAs）占总 RNA 的 80-90%，进行二代测序和其它应用前需要在上游实验中将其去除。NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 优化了试剂、探针和操作手册，去除效果更卓越。基于 RNAse-H 的高效工作流程和紧密的探针间距，能高效地从低质量和高质量 RNA 中去除 rRNA，针对广泛的起始量范围亦同样有效。

从不同起始量的人、小鼠、大鼠样品中，NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 均能高效富集目的 RNAs。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA（1 µg、100 ng 和 10 ng）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从每个文库中抽取（seqtk）1000 万个 Reads，并使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定去除文库中的 rRNA 残留，人 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S、ETS/ITS；小鼠/大鼠 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值。结果表明：从不同起始量的人、小鼠、大鼠样品中，NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 均能高效去除 rRNA。

使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2，不会影响目的转录本的丰度。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA（1 µg）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒分别对去除后和未去除的 RNA 制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从去除后的文库中抽取（seqtk）1000 万个 Reads，从未去除的文库中抽取 1 亿个 Reads。使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明：测试的所有物种去除 rRNA 后转录表达水平与未去除文库一致。

不同起始量情况下，样本文库之间都保持一致的转录表达相关性。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA（1 µg）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明：测试的所有起始量转录表达相关性保持一致。

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 在保证转录本丰度的同时，能有效地从降解的 FFPE 总 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）（A、B、C）和 TruSeq® Stranded Total RNA Gold Kit（A）从成人正常肝组织 FFPE 总 RNA（RIN 2.3，100 ng 和 10 ng）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从去除后的文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads，从未去除的文库中抽取 2 亿个 Reads。图（A）使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定去除文库中的 rRNA 残留，人 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S、ETS/ITS。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值，误差条表示标准差。（B）和（C）使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明：NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）能从 FFPE（降解的）样本中高效去除 rRNA，并可灵活应用于低起始量，且在不同起始量情况下，去除后的转录表达相关性也保持一致。

NEBNext^® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）

·高效去除人、小鼠、大鼠 RNA 中的 rRNA

 高丰度的核糖体 RNAs（rRNAs）占总 RNA 的 80-90%，进行二代测序和其它应用前需要在上游实验中将其去除。NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 优化了试剂、探针和操作手册，去除效果更卓越。基于 RNAse-H 的高效工作流程和紧密的探针间距，能高效地从低质量和高质量 RNA 中去除 rRNA，针对广泛的起始量范围亦同样有效。

从不同起始量的人、小鼠、大鼠样品中，NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 均能高效富集目的 RNAs。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA（1 µg、100 ng 和 10 ng）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从每个文库中抽取（seqtk）1000 万个 Reads，并使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定去除文库中的 rRNA 残留，人 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S、ETS/ITS；小鼠/大鼠 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值。结果表明：从不同起始量的人、小鼠、大鼠样品中，NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 均能高效去除 rRNA。

使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2，不会影响目的转录本的丰度。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA（1 µg）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒分别对去除后和未去除的 RNA 制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从去除后的文库中抽取（seqtk）1000 万个 Reads，从未去除的文库中抽取 1 亿个 Reads。使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明：测试的所有物种去除 rRNA 后转录表达水平与未去除文库一致。

不同起始量情况下，样本文库之间都保持一致的转录表达相关性。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA（1 µg）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明：测试的所有起始量转录表达相关性保持一致。

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 在保证转录本丰度的同时，能有效地从降解的 FFPE 总 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）（A、B、C）和 TruSeq® Stranded Total RNA Gold Kit（A）从成人正常肝组织 FFPE 总 RNA（RIN 2.3，100 ng 和 10 ng）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从去除后的文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads，从未去除的文库中抽取 2 亿个 Reads。图（A）使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定去除文库中的 rRNA 残留，人 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S、ETS/ITS。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值，误差条表示标准差。（B）和（C）使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明：NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）能从 FFPE（降解的）样本中高效去除 rRNA，并可灵活应用于低起始量，且在不同起始量情况下，去除后的转录表达相关性也保持一致。

 停产通知：该产品将于 2021 年 12 月 15 日停产，推荐替代产品为 #E7546S

The NEBNext® Ultra™ End Repair/dA-Tailing Module is optimized to convert 5 ng–1 μg of fragmented DNA to repaired DNA having 5′ phosphorylated, 3’ dA-tailed ends. The module is optimized for use with

NEBNext Ultra Ligation Module (NEB #E7445), and is part of the original Ultra workflow, which enables

library preparation from 5 ng – 1 μg of input DNA in a streamlined protocol.

NEBNext End Prep Enzyme Mix

NEBNext End Repair Reaction Buffer

-20°C

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停产通知：该产品将于 2021 年 12 月 15 日停产，推荐替代产品为 #E7595S

 The NEBNext® Ultra™ Ligation Module has been optimized to ligate efficiently DNA adaptors compatible with Illumina® sequencing to end-repaired, dA-tailed DNA fragments. The module is optimized for use with NEBNext Ultra End Repair/dA-Tailing Module (NEB #E7445), and is part of the original Ultra workflow, which achieves library preparation from 5 ng – 1 µg of input DNA in a streamlined protocol. 

The NEBNext Ultra™ Ligation Module is Designed for Use with the Following Products:

NEBNext Ultra™ End Repair/dA-Tailing Module (NEB #E7442)
NEBNext Singleplex or Multiplex Oligos for Illumina® (NEB #E7350, #E7335, #E7500, #E7710 , 

#E7730, #E6609, #E7600)
NEBNext Q5 Hot Start HiFi PCR Master Mix (NEB #M0543)
NEBNext High-Fidelity 2X PCR Master Mix (NEB #M0541)

Blunt/TA Ligase Master Mix

NEBNext® Ligation Enhancer

-20°C

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– NEBNext Oligo d(T)₂₅ 磁珠

– NEBNext RNA 结合缓冲液（2X）

– NEBNext 洗脱缓冲液

– 无核酸酶污染的水
– NEBNext Tris 缓冲液 

The NEBNext RNA First Strand Synthesis Module is designed for synthesis of cDNA from RNA fragments using ProtoScript® II Reverse Transcriptase and random priming. Single strand cDNA can be used directly for second strand cDNA synthesis. For use in directional (strand-specific) protocols, Actinomycin D is

required and must be purchased separately.

 –  NEBNext First Strand Synthesis Reaction Buffer

 –  Random Primers

 –  ProtoScript® II Reverse Transcriptase

 –  Murine RNase Inhibitor

Materials Required but not Supplied

If you are using the module for Directional RNA Seq, Actinomycin D (Sigma #A1410 dissolved in

dimethylsulfoxide [DMSO] to 5μg/μl) is required. See protocol for details.

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The NEBNext^® Ultra^™ II Directional RNA Second Strand Synthesis Module has been optimized to

generate double-stranded cDNA from first-strand cDNA, as part of the NEBNext Directional RNA library

preparation workflow.  This workflow uses the “dUTP” method for strand-specific library construction, which

depends on incorporation of uracil into the second strand cDNA, enabled by the NEBNext Second Strand

Synthesis Reaction Buffer with dUTP Mix, included in this module.

The NEBNext Ultra II Directional RNA Second Strand Synthesis Module is Designed for Use with the

Following:

 –  NEBNext^® Ultra^™ II RNA First Strand Synthesis Module (NEB #E7771)

 –  NEBNext^® Ultra^™ II End Repair/dA-Tailing Module (NEB #E7546)

 –  NEBNext^® Ultra^™ II Ligation Module (NEB #E7595)

 –  NEBNext^® Ultra^™ II Q5^® Master Mix (NEB #M0544)

 –  NEBNext^® Oligos for Illumina^®(NEB #E7335, #E7500, #E7710, #E7730, #E6609, #E7600,         

    #E7535, #E7350)

NEBNext Second Strand Synthesis Enzyme Mix

NEBNext Second Strand Synthesis Reaction Buffer with dUTP Mix

 -20°C

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 NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）

目前对 SARS-CoV-2 测序的可靠性和准确性的要求日益增长，为了满足上述需求，NEB 推出 NEBNext® ARTIC 文库制备试剂盒。这些试剂盒根据 ARTIC Network（1）原始流程开发，采用多重扩增子的方法对病毒进行全基因组测序。

SARS-CoV-2 RT-PCR 扩增性能优越。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA（ThermoFisher QS0639）中的 10 – 10,000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝（ATCC VR-1986 和 VR-1991）。使用 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池对起始样本进行多重扩增子扩增。使用 Qubit™ dsDNA BR Assay Kit（ThermoFisher Q32850）测定平均扩增子产量。

在 Illumina 平台使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 引物池，可提高基因组覆盖度。基因组数据可视化图（IGV）显示了 SARS-CoV-2 基因组的覆盖度。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA（ThermoFisher QS0639）中的 1,000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝（ATCC VR-1986 和 VR-1991）。分别使用两种引物对起始样本进行多重扩增子扩增：IDT ARTIC nCoV-2019 V3 Panel（“Standard”）和 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池。建库试剂为 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）。使用 MiSeq® （2 x 75 bp）测序。测定每个碱基的覆盖深度，向下抽样（seqtk）Reads 数，使用 Bowtie 2 比对至 SARS-CoV-2 参考基因组（NCBI, NC_045512）。

在 Oxford Nanopore Technologies 平台使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 引物池，完全覆盖基因组所需的 Reads 数更少。IGV 图显示了 SARS-CoV-2 基因组的覆盖度。使用 IDT ARTIC nCoV-2019 V3 Panel（“Standard”）或 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池，100 ng 人类通用参考 RNA（ThermoFisher QS0639）中的 1000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝（ATCC VR-1986 和 VR-1991）作为起始样本制备扩增子。使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 配套试剂盒（Oxford Nanopore Technologies）、Oxford Nanopore Technologies Native Barcoding Expansion kits 1-12（EXP-NBD104）、1 3-24 (EXP-NBD114)、Ligation Sequencing Kit（EXP-NBD114）、Ligation Sequencing Kit（SQK-LSK109）和 SFB Expansion Kit（EXP-SFB001）制备文库。使用 R9.4.1 flow cells 在 GridION 仪器上进行测序，并使用 Minimap2 比对数据。

NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR 模块流程

 血液样本中绝大部分的 RNA 由珠蛋白（Globin）mRNA 以及细胞质和线粒体核糖体 RNA（rRNA）组成。这些高丰度的 RNA 会掩盖低丰度转录本的生物学意义，因此，高效、特异性地去除这些 RNA 是至关重要的。

 血液样本中绝大部分的 RNA 由珠蛋白（Globin）mRNA 以及细胞质和线粒体核糖体 RNA（rRNA）组成。这些高丰度的 RNA 会掩盖低丰度转录本的生物学意义，因此，高效、特异性地去除这些 RNA 是至关重要的。

The NEBNext Ultra II RNA First Strand Synthesis Module has been optimized to convert a broad range of

input amounts of RNA into cDNA using random priming. 

The module is optimized for use with the NEBNext Ultra II Directional RNA Second Strand Synthesis

Module (NEB #E7550) or the NEBNext Ultra II Non-Directional RNA Second Strand Synthesis Module

(NEB #E6111), and is part of the Ultra II RNA directional or non-directional workflows. These workflows are compatible with poly(A) mRNA isolation or ribosomal RNA depletion, and enable high yield preparation of

high quality libraries from 5 ng – 1 µg total RNA.

 –  NEBNext First Strand Synthesis Reaction Buffer

 –  Random Primers

 –  NEBNext First Strand Synthesis Enzyme Mix

 –  NEBNext Strand Specificity Reagent

NEBNext® RNA 去除核心试剂 – 含 RNA 纯化磁珠

 RNAse-H 的高效工作流程结合在线工具设计的紧密间距探针，无论 RNA 质量高低，无论 RNA 起始量多少，都能高效去除 rRNA

·   ·使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 设计的探针序列，可从任意物种中去除不需要的 RNA

·   ·起始量范围广：10 ng – 1 μg

·   · 同时适用于低质量和高质量 RNA 样本

·   · 超快速工作流程：仅需 2 小时，手动操作时间少于 10 分钟

·   · 可提供 RNAClean® 磁珠

 在 RNA-seq 中，高丰度转录本如核糖体 RNA（rRNA）会占据绝大部分测序数据，但它的生物学意义极低，并会掩盖那些具有真正生物学意义的低丰度转录本的检测。当某种样品没有相应的 RNA 去除试剂盒时，这一挑战变的更为严峻。NEBNext® RNA 去除核心试剂提供客户定制，可以从任意物种中去除不需要的 RNA，探针设计工具操作简单方便（NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool）。

 通过联合使用 NEB 提供的 NEBNext® RNA 去除核心试剂和客户自行设计定制的探针，去除不需要的 RNA，工作流程如下：

第一步：使用在线的 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool，输入目标 RNA 序列，获得定制的探针序列。

第二步：从您信任的供应商处订购 ssDNA 寡核苷酸探针。

第三步：探针与 NEBNext® 定制 RNA 去除核心试剂一起使用，或与其它 NEBNext® RNA 去除试剂盒联合使用。

不同起始量、不同物种的样本，NEBNext® 定制 RNA 去除试剂盒均能高效去除目标 RNA，富集目的 RNAs。使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 针对埃及伊蚊、超嗜热原始菌和激烈火球菌的 rRNA 设计探针。使用 RNA 去除核心试剂盒和设计的探针从 1 µg、100 ng 和 10 ng 总 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从每个文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads。使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定 rRNA，残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值。结果表明：不同起始量（1 µg – 10 ng）、不同物种的样本，NEBNext® 定制 RNA 去除方法均能高效去除目标 RNA。

使用 NEBNext® 定制 RNA 去除试剂盒去除目标 RNA，不会影响目的转录本的丰度。使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 针对埃及伊蚊的 rRNA 设计探针。埃及伊蚊成虫（Benzon Research）。使用 Monarch® 总 RNA 小量提取试剂盒（NEB #T2010S）从埃及伊蚊成虫（Benzon Research）中提取总 RNA。使用 RNA 去除核心试剂盒和设计的探针从 100 ng 和 10 ng 总 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从去除后的文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads，从未去除的文库中抽取 2 亿个 Reads。使用 Salmon 和来自 Vectorbase（AaegL5.2 assembly）的转录本计算转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R² 值。图 A 表明：去除不影响目的转录本的丰度。图 B 表明：不同起始量在多次重复实验中转录本丰度保持一致。

组合探针能有效去除人 rRNA 和线粒体 mRNA。使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 针对人线粒体 mRNA 设计探针。设计的探针与 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）的探针组合使用。使用组合探针从 1 µg 人通用参考总 RNA（Agilent®）中去除线粒体 RNA 和 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从每个文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads。图（A）使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定 rRNA 和线粒体 RNA，残留的 rRNA 和 mtRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。rRNA 和线粒体 RNA 都被有效地去除。图 B 中 IGV 图显示了人类线粒体基因上的覆盖度。

 NEBNext® RNA 去除核心试剂

 RNAse-H 的高效工作流程结合在线工具设计的紧密间距探针，无论 RNA 质量高低，无论 RNA 起始量多少，都能高效去除 rRNA。

    ·   使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 设计的探针序列，可从任意物种中去除不需要的 RNA

    ·   起始量范围广：10 ng – 1 μg

    ·  同时适用于低质量和高质量 RNA 样本

    ·   超快速工作流程：仅需 2 小时，手动操作时间少于 10 分钟

   ·   可提供 RNAClean® 磁珠

 在 RNA-seq 中，高丰度转录本如核糖体 RNA（rRNA）会占据绝大部分测序数据，但它的生物学意义极低，并会掩盖那些具有真正生物学意义的低丰度转录本的检测。当某种样品没有相应的 RNA 去除试剂盒时，这一挑战变的更为严峻。NEBNext® RNA 去除核心试剂提供客户定制，可以从任意物种中去除不需要的 RNA，探针设计工具操作简单方便（NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool）。

 通过联合使用 NEB 提供的 NEBNext® RNA 去除核心试剂和客户自行设计定制的探针，去除不需要的 RNA，工作流程如下：

第一步：使用在线的 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool，输入目标 RNA 序列，获得定制的探针序列。

第二步：从您信任的供应商处订购 ssDNA 寡核苷酸探针。

第三步：探针与 NEBNext® 定制 RNA 去除核心试剂一起使用，或与其它 NEBNext® RNA 去除试剂盒联合使用。

不同起始量、不同物种的样本，NEBNext® 定制 RNA 去除试剂盒均能高效去除目标 RNA，富集目的 RNAs。使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 针对埃及伊蚊、超嗜热原始菌和激烈火球菌的 rRNA 设计探针。使用 RNA 去除核心试剂盒和设计的探针从 1 µg、100 ng 和 10 ng 总 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从每个文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads。使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定 rRNA，残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值。结果表明：不同起始量（1 µg – 10 ng）、不同物种的样本，NEBNext® 定制 RNA 去除方法均能高效去除目标 RNA。

使用 NEBNext® 定制 RNA 去除试剂盒去除目标 RNA，不会影响目的转录本的丰度。使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 针对埃及伊蚊的 rRNA 设计探针。埃及伊蚊成虫（Benzon Research）。使用 Monarch® 总 RNA 小量提取试剂盒（NEB #T2010S）从埃及伊蚊成虫（Benzon Research）中提取总 RNA。使用 RNA 去除核心试剂盒和设计的探针从 100 ng 和 10 ng 总 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从去除后的文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads，从未去除的文库中抽取 2 亿个 Reads。使用 Salmon 和来自 Vectorbase（AaegL5.2 assembly）的转录本计算转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R² 值。图 A 表明：去除不影响目的转录本的丰度。图 B 表明：不同起始量在多次重复实验中转录本丰度保持一致。

组合探针能有效去除人 rRNA 和线粒体 mRNA。使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 针对人线粒体 mRNA 设计探针。设计的探针与 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）的探针组合使用。使用组合探针从 1 µg 人通用参考总 RNA（Agilent®）中去除线粒体 RNA 和 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从每个文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads。图（A）使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定 rRNA 和线粒体 RNA，残留的 rRNA 和 mtRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。rRNA 和线粒体 RNA 都被有效地去除。图 B 中 IGV 图显示了人类线粒体基因上的覆盖度。

能快速完成二代测序建库流程中的纯化和片段筛选步骤

磁性颗粒的小规模分离

目前商业用最强力磁铁，由稀土元素钕和铁硼（NdFeB）组成，铝架经过阳极电镀处理

24管容量：可容纳八联管和十二联管或单个 0.2 ml PCR 管

 二代测序建库制备流程中包含了磁珠的纯化和片段筛选步骤，高效、快速的磁珠分离是制备高产量、高质量文库的先决条件。

NEBNext 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端）

NEBNext 多样本接头引物试剂盒 3 （96 种 Unique 双端）

NEBNext 多样本接头引物试剂盒 4 （96 种 Unique 双端）

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NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1（96 种 Unique 双端）

NEBNext 多样本接头引物试剂盒 3 （96 种 Unique 双端）

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 ·提高连接效率

·极大降低接头二聚体

·增加文库产量 

·增加样品识别特异性 （双端检索）

·大量单端检索/可用检索 

·提供检索表和样本示例表

每个试剂盒都通过对基因组 DNA、ChIP DNA 和 mRNA 进行文库构建，并在 Illumina 平台测序进行验证。

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每个试剂盒都通过对基因组 DNA、ChIP DNA 和 mRNA 进行文库构建，并在 Illumina 平台测序进行验证。  

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NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 UMI 接头，适用于 RNA）

·接头引物可用于 PCR-free 的文库扩增 

 ·  高效稳定的连接效率

 ·  更灵敏地检测低频单核苷酸变异（SNV）

 · 可支持更高通量

 用于 Illumina^® 平台的 NEBNext^® 多样本接头引物是 NEBNext^® 文库制备系列产品的重要组成部分，有多种不同的产品可用于 NEBNext^® 产品或其它标准的 Illumina^® 平台兼容的文库制备流程。该产品经设计和优化，适用于包括 PCR-free 在内的 DNA 测序流程。这些独特的双端检索引物接头还分别包含一段唯一的分子标签序列（UMI），以便识别和删除扩增文库中的 PCR 错误或重复。提供 96 个独特的、预混的含有 UMIs 的接头引物，包装在一个一次性的密封着可穿刺的铝箔封板膜 96 孔板中。PCR 扩增需要的通用引物也包含在内。

可提供适用于 RNA 测序的 NEBNext® Unique 双端 UMI 接头（NEB #E7416），也可提供单端、双端和 Unique 双端引物以及优化的接头。

NEBNext^® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 UMI 接头，适用于 DNA）可实现更高的连接效率。A）以 100 ng、250 ng 和 500 ng 的人 NA19240 基因组 DNA（Coriell Institute for Biomedical Research）为起始样本，使用 NEBNext^® Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒（NEB #E6177）和图中相应供应商提供的接头引物制备文库，不进行 PCR 扩增。连接后，使用 SPRIselect 磁珠进行两轮纯化，使用 NEBNext^® 文库定量试剂盒（NEB #E7630）对文库进行定量。B)以 100 ng NA19240 基因组 DNA 为起始样本，使用 Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒在 96 孔板中制备 90 个文库，供应商提供的 30 个接头引物如图所示，不进行 PCR 扩增。两轮磁珠纯化后，进行 qPCR 定量。

NEBNext^® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 UMI 接头，适用于 DNA）可更灵敏地检测低频变异。AcroMetrix 肿瘤 Hotspot Control DNA（Thermo Scientific^® #969056）作为突变 DNA 源（>500个突变，等位基因频率为 5-35%），以不同比例与 NA19240 基因组 DNA 混合，产生一系列不同的等位基因频率。使用 NEBNext® Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）和 NEBNext^® Unique 双端 UMI 接头制备文库，并使用 Twist Bioscience^® 的 152 个基因的定制 panel 对所有样本进行多重杂交捕获。文库使用 Illumina NovaSeq^® 测序，Reads 被降采样至 1.1 亿，并使用 BWA MEM（0.7.17）比对至 hg38。在不使用 UMI 序列或构建 UMI 共有序列（Fgbio 0.8.1）的情况下，使用 MarkDuplicates（Picard 2.20.6）分析比对上的 reads。使用 Strelka2（2.9.10）从最终的 BAM 文件中分析体细胞突变。（A）当使用 UMIs 删除重复序列，所得的 SNV 总数和正确的数量都增加。（B）用 UMI 进行共有序列比较，能提高检测灵敏度。等位基因频率越低，UMIs 在 SNV 检测中的优势就越大。

 NEBNext^® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 UMI 接头，适用于 DNA）

·  高效稳定的连接效率

·  可支持更高通量

· 专为 RNA 文库优化

·  更准确地测定转录本丰度

 用于 Illumina^® 平台的 NEBNext® 多样本接头引物是 NEBNext^® 文库制备系列产品的重要组成部分，有多种不同的产品可用于 NEBNext^® 产品或其它标准的 Illumina^® 平台兼容的文库制备流程。该产品（Unique 双端 UMI 接头，适用于 RNA，NEB #7416）为 RNA 测序流程设计和优化。这些独特的双端检索引物接头还分别包含一段唯一的分子标签序列（UMI），包含一个独特的分子条形码（UMI）序列，以便更准确地分析转录组。通用引物也包含在内。

可提供适用于 DNA 测序的 NEBNext® Unique 双端 UMI 接头（NEB #E7395），也可提供单端、双端和 Unique 双端引物以及优化的接头。

NEBNext^® Unique 双端 UMI 接头具有同样有效的连接和随后扩增。

A：以通用人参考 RNA（Agilent ＃740000）为起始样本，使用 NEBNext® Poly(A) mRNA 磁性分离模块（NEB #E7490）富集后，使用 NEBNext^® Ultra II RNA 定向文库制备试剂盒（NEB #E7760）制备 96个文库。使用 Agilent Tapestation 4200 评估建库产量，通过将单个文库产量除以 96 个所有文库的平均产量对文库进行标准化。所有 96 个 Unique 双端 UMI 接头的一致性和连接效率都很高。每个条形图代表至少 2 个技术重复的平均值。

B：NEBNext® Unique 双端 UMI 接头具有均一的聚类效率。文库使用 Illumina NextSeq® 500（PE70）测序。每个文库预计占测序 reads 总数的1.04%。通过将实际的 reads 数除以预期的 reads 数对文库产量进行标准化。96 个 Unique 双端 UMI 接头均未出现偏差。

相较于其它 UMI 接头竞品，NEBNext Unique 双端 UMI 接头性能更优越。

以通用人参考 RNA 为起始样本，使用 NEBNext® Poly(A) mRNA 磁性分离模块（NEB #E7490）富集后，使用 NEBNext® Ultra II RNA 定向文库制备试剂盒（NEB #E7760）制备文库。

A：以 10 ng、100 ng 和 1,000 ng 的总 RNA 为起始样本，图中显示了三个重复的平均文库产量。使用 NEBNext® Unique 双端 UMI 接头或 IDT xGen 双端接头进行接头连接。使用 Agilent Tapestation 4200 评估最终建库产量
B：文库使用 Illumina NextSeq® 500（PE70）测序。Reads 被降采样（seqtk）至 500 万，并使用 HISAT 2.1 比对至 GRCh38 参考基因组。使用 fgbio（AnnotateBamWithUmis）添加 UMI 信息，并使用 MarkDuplicates（Picard 2.18.2.1）标记含有 UMI 的 reads 和检测重复率。NEBNext® Unique 双端 UMI 接头产生的文库产生的重复更少。

每个试剂盒都通过对基因组 DNA、ChIP DNA 和 mRNA 进行文库构建，并在 Illumina 平台测序进行验证。 

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·提高连接效率

·极大降低接头二聚体

·增加文库产量 

·增加样品识别特异性 （双端检索）

·大量单端检索/可用检索 

·提供检索表和样本示例表

NEBNext 接头是为 DNA、ChIP DNA 和 RNA （不包括 Small RNA）文库构建而设计的，能够确保接头的高效连接及文库的高产量，并且最大限度的减少接头二聚体的形成。NEBNext 接头包含一个特殊的发卡环状结构，能够更高效的和经末端修复的带 dA 尾的 DNA 结合。环状结构包含一个 U，当 U 被 USER 酶（由 UDG 和内切酶 VIII 组合而成）切掉后，环状结构打开，使它可以成为 PCR 的反应底物。检索序列通过 PCR 引入文库，从而实现了多样本的制备。NEBNext 接头引物不仅能够用于 NEBNext 产品，也可以用于其它的兼容 Illumina 标准平台的文库制备方法。

提供单端和双端检索引物。同时也提供用于重亚硫酸盐测序的甲基化接头。

每个试剂盒都通过对基因组 DNA、ChIP DNA 和 mRNA 进行文库构建，并在 Illumina 平台测序进行验证。

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·提高连接效率

·极大降低接头二聚体

·增加文库产量 

·增加样品识别特异性 （双端检索）

·大量单端检索/可用检索 

·提供检索表和样本示例表

NEBNext 接头是为 DNA、ChIP DNA 和 RNA （不包括 Small RNA）文库构建而设计的，能够确保接头的高效连接及文库的高产量，并且最大限度的减少接头二聚体的形成。NEBNext 接头包含一个特殊的发卡环状结构，能够更高效的和经末端修复的带 dA 尾的 DNA 结合。环状结构包含一个 U，当 U 被 USER 酶（由 UDG 和内切酶 VIII 组合而成）切掉后，环状结构打开，使它可以成为 PCR 的反应底物。检索序列通过 PCR 引入文库，从而实现了多样本的制备。NEBNext 接头引物不仅能够用于 NEBNext 产品，也可以用于其它的兼容 Illumina 标准平台的文库制备方法。

提供单端和双端检索引物。同时也提供用于重亚硫酸盐测序的甲基化接头。

Dual Index Workflow

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