“该产品已停产，推荐替代产品为 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）或 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒-含纯化磁珠（NEB #E7103）或 NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒-含片段化酶（NEB #E7805） 或 NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒-含片段化酶/含纯化磁珠（NEB #E6177）或 NEBNext 末端修复模块（NEB #E6050）或 NEBNext 加 dA 尾模块（NEB #E6053）”

The NEBNext DNA Library Prep Master Mix Set for Illumina^® contains reagents for preparation of libraries

for next-generation sequencing on the Illumina platform from 1 µg – 5 µg input DNA, in a standard workflow. Please note that adaptors and primers are not included in the kit and are available separately.

请登陆 NEBNextSelector.neb.com 可以使用在线产品选择工具进行产品选择。

该产品已停产，推荐替代产品为  NEBNext ChIP-Seq  文库制备预混液试剂盒（NEB#6240） 或  NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB#7645）。

请登陆 NEBNextSelector.neb.com 可以使用在线产品选择工具进行产品选择。

 “该产品已停产，推荐替代产品为 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）或 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒-含纯化磁珠（NEB #E7103）或 NEBNext 末端修复模块（NEB #E6050）或 NEBNext 加 dA 尾模块（NEB #E6053）”

The NEBNext ChIP-Seq Library Prep Master Mix Set for Illumina contains reagents for preparation of

libraries for next-generation sequencing on the Illumina platform from 10 ng of ChIP DNA, in a standard workflow. Please note that adaptors and primers are not included in the kit and are available separately.

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NEBNext 酶学转化法甲基化建库相关产品

NEBNext 酶学转化法甲基化建库试剂盒

NEBNext 甲基化建库酶学转化法模块

NEBNext Q5U™ 预混液

NEBNext 酶学转化法甲基化建库多样本接头引物（双端检索引物）

虽然重亚硫酸盐测序是研究 DNA 甲基化的金标准，但这种转化方式会对DNA 造成损伤，导致 DNA 断裂、丢失和 GC 偏嗜。NEBNext 酶学转化法甲基化建库试剂盒 (EM-seq^™) 提供了一种酶学方法代替全基因组重亚硫酸盐处理 DNA (WGBS) 的方法，并结合高效流程化的建库步骤，适用于 Illumina 平台测序。高效的 EM-Seq 酶促转化可最大程度地减少对DNA的损伤，结合提供的 NEBNext Ultra II 文库制备流程，最终产生的高质量文库可以从有限的测序数据中更灵敏的检测到 5-mC 和 5-hmC。

更卓越的 5-mC 和 5-hmC 检测灵敏度

更高的比对率

更均一的 GC 覆盖度

能从有限的测序数据检测到更多的 CpG 位点

更均一的二核苷酸分布

更长的文库插入片段

更高效的建库流程

提供转化模块

EM-Seq 能得到更高的文库产量。采用Covaris S2 仪器将 10 ng、50 ng 和 200 ng 不同起始量的人 NA12878 基因组 DNA 打断至 300 bp，同时作为 EM-Seq 和 WGBS 建库的起始样本。对于 WGBS 方法，使用 NEBNext Ultra II DNA 进行建库，随后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold 试剂盒进行重亚硫酸盐转化。上述所有起始量，EM-Seq 都能使用更少的 PCR 循环得到更高的文库产量，表明 EM-Seq 显著减少了 WGBS 方法中的 DNA 损失。误差条表示标准差。

NEBNext 酶学转化法甲基化文库可获得更长的插入片段 。采用Covaris^® S2 仪器将 50 ng 人 NA12878 基因组 DNA 打断至 300 bp，同时作为 EM-Seq 和 WGBS 建库的起始样本。对于 WGBS 方法，使用 NEBNext Ultra II DNA 进行建库，随后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold^™ 试剂盒进行重亚硫酸盐转化。两个文库均使用 Illumina MiSeq (2 X 76 bases) 测序，片段大小采用 Picard 2.18.14 测定。图中绘制了每个插入片段出现的频率标准化后的数据，结果如图：EM-Seq 建库后的插入片段比 WGBS 方法得到的插入片段更长，说明：酶学转化法不会对 DNA 造成损伤，而重亚硫酸盐处理的 DNA 有严重损伤。

A: CpG 位点检测：通过分析 3.24 亿双端数据得到 EM-Seq 和 WGBS 文库的 CpG 位点覆盖度，其中每条链都独立计数，最终得到最多 5600 万个可能的 CpG 位点。结果显示：EM-Seq 在更低测序深度能检测到更多的 CpG 位点。

B: GC 覆盖度：使用 Picard 2.17.2 计算 GC 覆盖度，图中显示不同 GC 含量时 (0-100%)，标准化后覆盖度的分布情况。结果显示：EM-Seq 文库显著提高 GC 覆盖度的均一性，无 AT 过度测序，也无 GC 测序不足，后两项都是 WGBS 文库的典型缺陷。

图中显示了 EM-Seq 和 WGBS 两种方法在不同起始量，至少 1X 和 8X 测序深度下检测到的独有和共有的 CpG 位点。EM-Seq 在至少 1X 测序深度下比 WGBS 多检测到 20% 以上的 CpG 位点。而在至少 8X 测序深度下，CpG 位点覆盖度差异增加至 2 倍。

NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）

 • 简化、高效的操作流程

 目前对 SARS-CoV-2 测序的可靠性和准确性的要求日益增长，为了满足上述需求，NEB 推出 NEBNext^® ARTIC 文库制备试剂盒。这些试剂盒根据 ARTIC Network（1）原始流程开发，可分别用于长片段和短片段测序。ARTIC SARS-CoV-2 测序是基于多重扩增子技术的病毒全基因组测序。

ARTIC SARS-CoV-2 操作流程是一种可覆盖整个病毒基因组的多重扩增子测序方法。基于此方法，NEB 开发了 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 文库制备试剂盒，并优化和创新了相关试剂。

NEBNext ARTIC 试剂盒包含用于 SARS-CoV-2 gRNA 的 RT-PCR 引物和试剂，以及用于下游 Illumina^® 和 Oxford Nanopore Technologies® 测序的文库制备相关试剂。使用 NEB 基于测序经验数据开发的方法平衡 V3 ARTIC 引物。结合优化的 RT-PCR 试剂，该试剂盒可在较宽的拷贝数范围内提高 gRNA 扩增子的均一性。 

无论起始量多少（10 – 10,000 个病毒基因组拷贝）都可使用同一个 RT 方案，并且在靶向扩增前无需进行标准化。使用 NEB 基于测序经验数据开发的方法平衡 V3 ARTIC 引物，以提高整个病毒基因组的扩增子覆盖度均一性。使用 NEBNext Ultra II DNA 试剂和工作流程制备文库，试剂量已根据 ARTIC 的应用就行了调整。请注意，文库制备的接头引物需要单独购买。使用全新的 NEBNext Library PCR Master Mix 时，无论初始起始量多少，都可用相同的 PCR 循环数扩增所有的文库。

使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）（NEB #E7650）可制备约 400 bp 插入片段的文库。如需制备更短的插入片段，选用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）（NEB #E7658）可制备约 150 bp 插入片段的文库，适用于 2 x 75 bp 测序。

1.(Josh Quick 2020. nCoV-2019 sequencing protocol v2 (GunIt). protocols.io https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bdp7i5rn).

添加人类对照引物不会降低基因组覆盖度。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA（ThermoFisher QS0639）中的 1,000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝（ATCC VR-1986 和 VR-1991）。使用 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池对起始样本进行多重扩增子扩增，引物中添加或不添加 NEBNext ARTIC 人类对照引物。建库试剂为 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）。使用 MiSeq® （2 x 250 bp）测序。基因组部分的各覆盖深度由起始量和 Reads 向下抽样至 10,000、100,000、500,000 和 1,000,000 确定。

NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）工作流程

NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2 配套试剂盒（Oxford Nanopore Technologies）

• 简化、高效的操作流程

 目前对 SARS-CoV-2 测序的可靠性和准确性的要求日益增长，为了满足上述需求，NEB 推出 NEBNext^® ARTIC 文库制备试剂盒。这些试剂盒根据 ARTIC Network（1）原始流程开发，可分别用于长片段和短片段测序。ARTIC SARS-CoV-2 测序是基于多重扩增子技术的病毒全基因组测序。

使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台），提高基因组覆盖度。基因组数据可视化图（IGV）显示了 SARS-CoV-2 基因组的覆盖度。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA（ThermoFisher QS0639）中的 1,000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝（ATCC VR-1986 和 VR-1991）。分别使用两种引物对起始样本进行多重扩增子扩增：IDT ARTIC nCoV-2019 V3 Panel（“Standard”）和 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池，两种引物中添加或不添加 NEBNext ARTIC 人类对照引物。建库试剂为 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）。使用 MiSeq^® （2 x 75 bp）测序。测定每个碱基的覆盖深度，向下抽样（seqtk）Reads 数，使用 Bowtie 2 比对至 SARS-CoV-2 参考基因组（NCBI, NC_045512）。

使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台），提高基因组覆盖度。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA（ThermoFisher QS0639）中的 1,000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝（ATCC VR-1986 和 VR-1991）。分别使用两种引物对起始样本进行多重扩增子扩增：QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel 和 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池。建库试剂为 QIAseqFX kit 或 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）。使用 MiSeq® （2 x 75 bp）测序。基因组部分的各覆盖深度由起始量和 Reads 向下抽样至 10,000、100,000、500,000 和 1,000,000 确定。

NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）工作流程

   Generate full (100%) coverage of all protein coding regions in BRCA1 and BRCA2 genes

   Obtain highly uniform sequencing across exon targets- 100% of base pairs in panel have coverage

       greater than 20% of the mean target coverage

   Maximize efficiency with a 1-day workflow that combines highly specific enrichment with library

      preparation

   Produce high depths of target coverage across a wide range of DNA input amounts for germline and

      somatic variant calling

The NEBNext Direct BRCA1/BRCA2 Panel enriches the complete exon content of BRCA1 and BRCA2

genes for next-generation se­quencing analysis. NEBNext Direct employs a unique hybridization-based

enrichment workflow that hybridizes baits directly to genomic DNA, without the need for upfront library

preparation. The BRCA1/BRCA2 panel demonstrates extremely high specificity and unmatched coverage

uniformity across a wide range of DNA inputs, allowing highly sensitive calling of germline and somatic

variants while maximizing sequencer efficiency.

Figure 1. NEBNext Direct Workflow.

NEBNext Sample Purification Beads
NEBNext Direct BRCA1/BRCA2 Baits
NEBNext Direct^® Bead Prep Buffer
NEBNext Direct^® Hybridization Buffer
NEBNext Direct^® dA-Tailing Buffer
NEBNext Direct^® Adaptor Ligation Buffer
NEBNext Direct^® Cleaving Buffer  
NEBNext Direct^® Hybridization Wash (HW) 
NEBNext Direct^® Bead Wash 1
NEBNext Direct^® Bead Wash 2 
NEBNext Direct^® 3´ Adaptor  
NEBNext Direct^® 5´ UMI Adaptor 
NEBNext Direct^® dA-Tailing Enzyme
NEBNext Direct^® Ligase  
NEBNext Direct^® 5´ Blunting Enzyme Mix 
NEBNext Direct^® Cleaving Enzyme Mix 
NEBNext Direct^® Q5 Master Mix
NEBNext Direct^® FFPE Phosphorylation Enzyme
NEBNext Direct^® Streptavidin Beads 4
NEBNext Direct^® Hybridization Additive -20
NEBNext Direct^® 5´ Blunting Buffer 4
NEBNext Direct^® 3´ Blunting Enzyme Mix

• GRCh37hg19 Bed Files for the NEBNext Direct® BRCA1/BRCA2 Panel
• GRCh38hg38 Bed Files for the NEBNext Direct® BRCA1/BRCA2 Panel
• Protocol for NEBNext Direct BRCA1/BRCA2 Panel (E6627)

提供从单个基因到几百个基因的不同选择

 NEBNext Direct 客户定制 Panels 采用独特的 NEBNext Direct 杂交富集技术，可为用户快速定制目标靶向基因，并可直接用于Illumina 测序平台。所提供的基因列表经精心设计优化，其探针将完整覆盖所有编码（外显子）区域。您可任意设计组合目标基因，生成的高品质 Panels 都将迅速交付。

NEBNext Direct 客户定制 Panels 可提供的基因持续更新，目前包括与多种转化研究领域相关的基因，如癌症、神经疾病、心脏病、自闭症、严重免疫缺陷、囊性纤维化和美国医学遗传学院所推荐的基因。

NEBNext Direct 客户定制 Panels 可包括低至单个特定基因，高至总量为 1.5 Mb 的目标基因，并对组合基因没有限制。每个Panels 在运输前都已完成测试，测序结果通过用户结果报告交付。

Panels 中每个基因的捕获探针设计都经过严格的开发和优化过程，以此最大程度地提高特异性和捕获均一性。

不同大小的 NEBNext Direct 客户定制 Panels 都展现了绝佳性能。关键目标的富集度可评估靶向富集在不同大小 Panels 中的一致性表现。使用100ng DNA，分别对 1、10、25、50 和100 个基因进行靶向富集，并通过 Illumina 平台测序，采用双端150 bp 的测序策略。较大的 Panels 包含小 Panels 的所有基因。

比较不同大小的 Panels 和不同 DNA 起始量之间的突变体检测灵敏度。将 24 个HapMap 样本混合，得到等位基因突变体百分数（VAF）低于 2% 的起始样本。将 25、50、100、200 和500 ng混合DNA 作为起始样本，分别选用含 1、10、25、50 和 100 个基因的 NEBNext Direct 客户定制 Panels 进行检测。较大的 Panels 包含小 Panels 的所有基因。文库通过 Illumina 平台 2 x 150 bp 进行测序，并使用 Mutect和Vardict算法得到突变体。

不同大小的 NEBNext Direct 客户定制 Panels 都能保证目标捕获的准确性。IGV 图显示了包含 1、10、25、50 和100 个基因的Panels 中，4 个BRAF 外显子的分布情况，证明了捕获靶基因的一致性。上述 5 个Panels 都是 100 ng DNA 的起始量，其中包含 BRAF 基因。文库通过 Illumina 平台 2 x 150 bp 进行测序。

   可比对到目标区域的 reads 比例更高

   所 有 区 域 均 可 得 到 均 一 的 测 序 结果，无论 GC 含量多少

   将富集和文库制备流程相结合，1 天即可完成

   能够从有限及降解的 DNA 样品中得到高质量的文库，包括 FFPE 及 ctDNA

   区分分子重复，降低假阳性突变并提高敏感度

 NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel 采用了一种全新的靶向富集方法，使其能够高特异性的杂交捕获 50 个基因中的 190 个常见癌症靶点。NEBNext Direct 技术与传统的液相杂交及多重 PCR 方法相比有着明显的优势。靶向富集与文库制备相结合，减少了实验所需时间，同时将样本的损失降到最低。能够与自动化设备兼容的 NEBNext Direct 使得对难以成功的样本基因组中目标区域的深度测序成为可能，从而能够发现及鉴定样本中的罕见突变。

NEBNext Direct 采用了快速杂交实验流程，将捕获与文库构建相结合

目标区域包括以下癌症相关基因

请登陆 NEBNextDirect.com 获取更多详细信息。

NEBNext Direct® 基因分型解决方案靶向富集试剂盒

 NEBNext Direct® 基因分型解决方案具有低成本高效益、高通量等特点，通过对靶基因测序进行基因分型，可广泛应用于植物、动物和人类。

 适用于几百到几千个 Marker 基因分型的理想解决方案

 使用 SolCAP 公开提供的 2,309 个 Marker Panel 对 96 个番茄 DNA 样本进行富集，并结合 NEBNext Direct^® 基因分型解决方案试剂盒做基因分型。图中显示了质控后的 Reads 数。每个样本起始量为 25 ng 纯化的番茄 DNA。样本加上标签标记后再进行杂交，文库在 Illumina^® Miseq^® 上测序，并设置程序：12 个碱基的唯一分子标签和 8 个碱基的样本标签用 Read 1 运行 20 个循环，目标基因用 Read 2 运行 75 个循环。

图中显示了 96 个样本 2,309 个 SolCAP Markers 的平均 SNP 覆盖度。每个样本起始量为 25 ng 纯化的番茄 DNA。样本加上标签标记后再进行杂交，文库在 Illumina^® Miseq^® 上测序，并设置程序：12 个碱基的唯一分子标签和 8 个碱基的样本标签用 Read 1 运行 20 个循环，目标基因用 Read 2 运行 75 个循环。结果表明：NEBNext Direct^® 基因分型解决方案在 96 个样本中显示了相似的覆盖度。

NEBNext Direct^® 基因分型解决方案对 96 个样本富集的特异性

 

 

图中显示了质控后的 Reads 数比对到目标区域的百分比，表明 NEBNext^® Direct 基因分型解决方案在 96 个样本中都显示出高度特异性。每个样本起始量为 25 ng 纯化的番茄 DNA。样本加上标签标记后再进行杂交，文库在 Illumina^® Miseq^® 上测序，并设置程序：12 个碱基的唯一分子标签和 8 个碱基的样本标签用 Read 1 运行 20 个循环，目标基因用 Read 2 运行 75 个循环。

单个样本中 2,309 个 Marker 的平均覆盖度

 

2,309 个 SolCAP Markers 覆盖度的柱状图显示了目标富集和覆盖水平的均一性，该结果足以进行基因分型。这些数据来自与其它 95 个番茄样本混合杂交后的一个番茄样本。样本起始量为 25 ng 纯化的番茄 DNA。样本加上标签标记后再进行杂交，文库在 Illumina® Miseq® 上测序，并设置程序：12 个碱基的唯一分子标签和 8 个碱基的样本标签用 Read 1 运行 20 个循环，目标基因用 Read 2 运行 75 个循环。

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虽然重亚硫酸盐测序是研究 DNA 甲基化的金标准，但这种转化方式会对DNA 造成损伤，导致 DNA 断裂、丢失和 GC 偏嗜。NEBNext 酶学转化法甲基化建库试剂盒 (EM-seq^™) 提供了一种酶学方法代替全基因组重亚硫酸盐处理 DNA (WGBS) 的方法，并结合高效流程化的建库步骤，适用于 Illumina 平台测序。高效的 EM-Seq 酶促转化可最大程度地减少对DNA的损伤，结合提供的 NEBNext Ultra II 文库制备流程，最终产生的高质量文库可以从有限的测序数据中更灵敏的检测到 5-mC 和 5-hmC。

更卓越的 5-mC 和 5-hmC 检测灵敏度

更高的比对率

更均一的 GC 覆盖度

能从有限的测序数据检测到更多的 CpG 位点

更均一的二核苷酸分布

更长的文库插入片段

更高效的建库流程

提供转化模块

EM-Seq 能得到更高的文库产量。采用Covaris S2 仪器将 10 ng、50 ng 和 200 ng 不同起始量的人 NA12878 基因组 DNA 打断至 300 bp，同时作为 EM-Seq 和 WGBS 建库的起始样本。对于 WGBS 方法，使用 NEBNext Ultra II DNA 进行建库，随后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold 试剂盒进行重亚硫酸盐转化。上述所有起始量，EM-Seq 都能使用更少的 PCR 循环得到更高的文库产量，表明 EM-Seq 显著减少了 WGBS 方法中的 DNA 损失。误差条表示标准差。

NEBNext 酶学转化法甲基化文库可获得更长的插入片段 。采用Covaris^® S2 仪器将 50 ng 人 NA12878 基因组 DNA 打断至 300 bp，同时作为 EM-Seq 和 WGBS 建库的起始样本。对于 WGBS 方法，使用 NEBNext Ultra II DNA 进行建库，随后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold^™ 试剂盒进行重亚硫酸盐转化。两个文库均使用 Illumina MiSeq (2 X 76 bases) 测序，片段大小采用 Picard 2.18.14 测定。图中绘制了每个插入片段出现的频率标准化后的数据，结果如图：EM-Seq 建库后的插入片段比 WGBS 方法得到的插入片段更长，说明：酶学转化法不会对 DNA 造成损伤，而重亚硫酸盐处理的 DNA 有严重损伤。

A: CpG 位点检测：通过分析 3.24 亿双端数据得到 EM-Seq 和 WGBS 文库的 CpG 位点覆盖度，其中每条链都独立计数，最终得到最多 5600 万个可能的 CpG 位点。结果显示：EM-Seq 在更低测序深度能检测到更多的 CpG 位点。

B: GC 覆盖度：使用 Picard 2.17.2 计算 GC 覆盖度，图中显示不同 GC 含量时 (0-100%)，标准化后覆盖度的分布情况。结果显示：EM-Seq 文库显著提高 GC 覆盖度的均一性，无 AT 过度测序，也无 GC 测序不足，后两项都是 WGBS 文库的典型缺陷。

图中显示了 EM-Seq 和 WGBS 两种方法在不同起始量，至少 1X 和 8X 测序深度下检测到的独有和共有的 CpG 位点。EM-Seq 在至少 1X 测序深度下比 WGBS 多检测到 20% 以上的 CpG 位点。而在至少 8X 测序深度下，CpG 位点覆盖度差异增加至 2 倍。