很多植物RNA的样品由于含有大量的多糖、多酚、代谢产物、色素等成分，造成RNA提取过程中氧化、褐化、降解、由于植物品种的多样性造成情况更加复杂。手工的CTAB类的方法提取由于时间太长，太繁琐，手工方法不在讨论之列。
下面我们来分析一下植物RNA为什么不能提取成功的原因：
市面上zui常见的RNA提取试剂盒无非是两种：*种：TRIzol改良类方法（包括溶液型的和离心柱型的）、第二种：直接裂解过柱子的方法（离心柱）
*种RNA提取试剂盒失败的原因1：RNA市面上面zui流行的方法就是Trizol，或者Triol改良，或者Trizol加离心柱一类的改良方法。trizol也就是异硫氰酸胍/苯酚/氯仿原理一步法的方法的对象是动物源性的组织细胞，针对普通多糖多酚低的植物性的材料，TRIzol类原理产品也可以提取。但是多糖、多酚、次级代谢产物丰富的情况下，trizol类方法无法防止多糖多酚对于RNA/DNA分相的干扰，要么残留大量DNA，要么残留大量苯酚，氯仿，氧化破坏RNA，或者残留这些多糖多酚，色素代谢产物等抑制下游的反转录等反应。限于技术水平的限制，市面上尽大多数的国产厂家是使用trizol的方法进行改良，无论是不是加了离心柱。但是实践证实，改良不能从根本上解决题目。判定是否试剂盒使用这种改良的方法非常简单：是否裂解液含有苯酚的味道和使用氯仿，假如使用到了氯仿就是TRIzol方法的改良。
第二种RNA提取试剂盒失败的原因：直接裂解过柱子的方法是目前的方法，但是也是技术含量zui高的方法。这个方法采用裂解液（不含苯酚，氯仿）直接裂解，RNA/DNA同时过柱子，然后在柱子上面直接分离RNA/DNA，所以，这种方法的优点*在于，避免了使用trizol在多糖多酚下不能成功分离RNA/DNA的弊端、第二在于，不使用有毒的苯酚氯仿。*，裂解液的成分必须针对往除多糖多酚进行研发添加往多糖多酚，代谢产物成分。否则会同样碰到多糖多酚干扰提取的题目。第二、和trizol原理不同，直接过柱法DNA/RNA同时加到吸附柱上往。如何往除DNA是*个难点。否则会残留大量DNA。两个技术难点的没有把握导致了国内公司包括的第二种试剂盒失败。国外公司由于没有把握*难点，裂解液里面没有往除多糖多酚成分，所以包括qiagen的盒子也经常不能成功提取植物RNA样品。
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