NEBNextDirect 客户定制 Panels
特性
提供从单个基因到几百个基因的不同选择
概述
NEBNext Direct 客户定制 Panels 采用独特的 NEBNext Direct 杂交富集技术,可为用户快速定制目标靶向基因,并可直接用于Illumina 测序平台。所提供的基因列表经精心设计优化,其探针将完整覆盖所有编码(外显子)区域。您可任意设计组合目标基因,生成的高品质 Panels 都将迅速交付。
NEBNext Direct 客户定制 Panels 可提供的基因持续更新,目前包括与多种转化研究领域相关的基因,如癌症、神经疾病、心脏病、自闭症、严重免疫缺陷、囊性纤维化和美国医学遗传学院所推荐的基因。
NEBNext Direct 客户定制 Panels 可包括低至单个特定基因,高至总量为 1.5 Mb 的目标基因,并对组合基因没有限制。每个Panels 在运输前都已完成测试,测序结果通过用户结果报告交付。
Panels 中每个基因的捕获探针设计都经过严格的开发和优化过程,以此最大程度地提高特异性和捕获均一性。
不同大小的 NEBNext Direct 客户定制 Panels 都展现了绝佳性能。关键目标的富集度可评估靶向富集在不同大小 Panels 中的一致性表现。使用100ng DNA,分别对 1、10、25、50 和100 个基因进行靶向富集,并通过 Illumina 平台测序,采用双端150 bp 的测序策略。较大的 Panels 包含小 Panels 的所有基因。
比较不同大小的 Panels 和不同 DNA 起始量之间的突变体检测灵敏度。将 24 个HapMap 样本混合,得到等位基因突变体百分数(VAF)低于 2% 的起始样本。将 25、50、100、200 和500 ng混合DNA 作为起始样本,分别选用含 1、10、25、50 和 100 个基因的 NEBNext Direct 客户定制 Panels 进行检测。较大的 Panels 包含小 Panels 的所有基因。文库通过 Illumina 平台 2 x 150 bp 进行测序,并使用 Mutect和Vardict算法得到突变体。
不同大小的 NEBNext Direct 客户定制 Panels 都能保证目标捕获的准确性。IGV 图显示了包含 1、10、25、50 和100 个基因的Panels 中,4 个BRAF 外显子的分布情况,证明了捕获靶基因的一致性。上述 5 个Panels 都是 100 ng DNA 的起始量,其中包含 BRAF 基因。文库通过 Illumina 平台 2 x 150 bp 进行测序。