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JOE phosphoramidite, 6-isomer

JOE phosphoramidite for oligonucleotide synthesis, pure 6-isomer (6-JOE).

Fluorescent dye JOE is a fluorescein derivative containing two chlorine atoms and two methoxy groups. Its absorption and emission maxima are at 503 nm and 525 nm, respectively. By its spectral characteristics JOE is found in between FAM and TAMRA/ROX; therefore, this fluorophor is commonly used for multiplex detection, including that during DNA sequencing.

Our catalog also contains JOE phosphoramidite, 5-isomer. We compared qPCR probes containing different JOE isomers (5-JOE and 6-JOE) and did not find any significant differences between them.

用于寡核苷酸合成的 JOE 亚磷酰胺，纯 6-异构体 (6-JOE)。

荧光染料 JOE 是一种含有两个氯原子和两个甲氧基的荧光素衍生物。 其吸收和发射最大值分别为 503 nm 和 525 nm。 根据其光谱特性，JOE 介于 FAM 和 TAMRA/ROX 之间； 因此，这种荧光团通常用于多重检测，包括 DNA 测序期间的检测。

我们的目录还包含 JOE 亚磷酰胺，5 异构体。 我们比较了含有不同 JOE 异构体（5-JOE 和 6-JOE）的 qPCR 探针，并没有发现它们之间有任何显着差异。

Usage

Coupling: 6 minutes

Deprotection: standard conditions using ammonium hydroxide; deprotection time depends on oligonucleotide composition and nucleobase protecting groups (deprotection for 17 h at 55 °С removes all protecting groups from standard nucleobases). AMA (solution of 30% ammonium hydroxide/40% aqueous methylamine 1:1 v/v) can be used with ~5% of non-fluorescent side product forming. To avoid formation of the side product, start deprotection with ammonium hydroxide (30 min at room temperature), then add an equal volume of 40% aqueous methylamine and continue deprotection as required with AMA (e.g. 10 min at 65 °C).

耦合：6 分钟

脱保护：使用氢氧化铵的标准条件； 脱保护时间取决于寡核苷酸组成和核碱基保护基团（在 55°С 脱保护 17 小时会去除标准核碱基上的所有保护基团）。 AMA（30% 氢氧化铵/40% 甲胺水溶液 1:1 v/v 的溶液）可用于形成约 5% 的非荧光副产物。 为避免形成副产物，用氢氧化铵开始脱保护（室温下 30 分钟），然后加入等体积的 40% 甲胺水溶液，并根据需要使用 AMA 继续脱保护（例如，在 65°C 下 10 分钟）。