Chromatin immunoprecipitation，中文称作染色质免疫共沉淀，是研究DNA和蛋白质相互作用的一种实验方法，并且是目前公认的最佳选择。
如果您是第一次做ChIP，或者您是做转录因子或者辅因子的，强烈建议您选择酶解法试剂盒，原因如下：
酶解法操作简便，每个IP只需要加入试剂盒中的0.5ul的微球菌核酸酶，37℃作用20分钟即可
可重复性强，且样品间酶处理效率差异小
对染色质结构和蛋白-DNA作用破坏小，可以最大程度保证染色质完整性
另外，如果您下游需要采用全基因组测序方法进行检测，请一定要选择磁珠产品（因琼脂糖微珠工艺制作原因，表面有细微小孔，需要使用鲑鱼精子进行封闭，这样相当于引入了异源DNA，会影响下游的测序结果）：
SimpleChIP® Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) #9003
SimpleChIP® Plus Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) #9005
如果下游只是做简单的定量PCR，可选择琼脂糖珠产品：
SimpleChIP® Enzymatic Chromatin IP Kit (Agarose Beads) #9002
SimpleChIP® Plus Enzymatic Chromatin IP Kit (Agarose Beads) #9004
Plus版更可应用于组织和细胞双重样本，普通版只可应用于细胞样本。
如果您使用过超声法进行ChIP实验，实验条件步骤摸索的很好并且您有很好的超声破碎仪，强烈推荐您选择：
SimpleChIP® Plus Sonication Chromatin IP Kit #56383
特制的低去污剂配方，减少抗原表位丢失，最大程度保护染色质完整性。磁珠配Plus，差一点就完美了！
一点：所有磁珠试剂盒（9003/9005/56383）需额外搭配磁力架，旨在IP之后分离DNA和蛋白质，6孔和12孔磁力架如下：
6-Tube Magnetic Separation Rack #7017
12-Tube Magnetic Separation Rack #14654
IP级别抗体能不能用来做ChIP实验？
ChIP级别抗体能不能用来做ChIP-seq实验?
ChIP级别的抗体都是经过实际实验验证过，可以用于ChIP实验。CST更有ChIP-Seq级别的抗体，是经过ChIP下游测序验证可用的，他们的区别在于：
ChIP级抗体 / IP级抗体
- 与DNA结合后构象变化
- 固定后染色质不同表位遮蔽
- 不同结合缓冲体系
ChIP-seq级抗体 / ChIP级抗体
- 全基因组不同表位遮蔽
- 抗体在全基因组上的结合强度高
- 全基因组水平上非特异结合低
目前CST有超过300种ChIP级别的抗体和100多种ChIP-Seq级别的抗体可供您选择，并且都是单克隆抗体，信噪比较好！
如果我得到的DNA量很低，只有1ng，如何建立一个优质的DNA文库？
ChIP之后得到的DNA，如果您已知这个DNA的基因序列，可进行qPCR进行定量检测；如果您是研究细胞或组织中基因组中的特定蛋白－DNA间相互作用或者研究多个未知基因，就需要进行二代测序，测序前需要建立DNA文库，文库的质量决定测序的质量！
CST可提供高质量DNA文库构建的建库试剂盒，最低起始DNA量为0.5ng
SimpleChIP® ChIP-seq DNA Library Prep Kit for Illumina® #56795
搭配单端或者双端引物接头试剂盒，即可完成一个优质的DNA文库构建！
SimpleChIP® ChIP-seq Multiplex Oligos for Illumina®(Single Index Primers) #29580
SimpleChIP® ChIP-seq Multiplex Oligos for Illumina®(Dual Index Primers) #47538
做ChIP实验还有好多小问题呀，怎么解决呢？
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1．片段化的染色质浓度过低。 |
染色质制备时所用的细胞或组织不足或 |
如果制备的染色质样品的DN浓度接近于50ugml.则每个P样品中需额外 |
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2染色质片段化不足或片段过大。染色质片段 |
蛔胞可能交联过度和/或使用了过多的染色质样 |
缩短交联时间至10-30分钟内和/或减少每次超声处理的蠕胞l组织数量。 |
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染色质片瞪化过度。染色质消化为单糯 |
酶处理:在消化中添加的缑胞不足或微球菌 |
酶处理:在交联前对组织称重或对单独的细胞极计数以测定准确的细胞数目。在 |
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4Input PCR反应中没有产物威产物极少。 |
添加到PCH反应的DA不足或条件不是 |
在PCH反应中添加更多DN4或增加扩增循环次数 |
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PCR扩增区域可能跨越无核小体的区域。 |
设计另外一个引物组并将扩增片段的长度减少至150 tp以下. |
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添加到IP的染色质不足或染色质片段化 |
为获得最佳的ChP结果,每次IP添加5至10冈的染色质。参见上述问题1和3 |
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5。阳性对照Histone H3-IP RPL30 PCR反应中 |
添加至P反应的染色质或抗体不足， |
确保在每个P反应中添加5至10闪的染色质和1⑩0的抗体并用抗体孵育 |
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蛋白G教珠中的染色质未完全洗脱。 |
在65°下.从蛋白G微珠中洗涤染色质是最优的.应频繁混合以保持微珠悬浮在 |
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用性对照 Rabbit Normal lgG-IP与阳性 |
IP反血中添加的染色质过多或不足。或者. |
在每个IP反应中应添加不多于15的染色质和10的 HistoneH3抗体。 |
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PCR反应中添加的D4过多或扩增循还过多。 |
在PCH反应中添加更少DNA或减少PCR循环次数。为了精确定量.在PCR的 |
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7．实验抗体IPPCR反应中无产物. |
PCH反应中添加的DWA不足。 |
在PCHR反应中添加更多DN4或增加扩增循环次数 |
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IP反应中添加的抗体不足。 |
通常.在IP反应中添加1至5闻范围的抗体:但是.准确使用量极大地取决于所 |
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抗体不适用于P. |
选择可替代的ChP验证级抗体。 |
ChIP相关产品
| 货号 | 产品名称 | 应用 |
| 56383S | SimpleChIPR Plus Sonication Chromatin IP Kit(超声法，磁珠) | ChlP ChIP-seq |
| 9005s | SimpleChIPR plus Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads)(酶解法，磁珠) | ChIP ChIP-seq |
| 9004s | SimpleChIPR plus Enzymatic Chromatin IP Kit(Agarose Beads)(酶解法，琼脂糖微珠) | ChIP |
| 9003s | SimpleChIPR Enzymatic Chromatin lP Kit(Magnetic Beads)(第解法，磁珠) | ChIP ChIlP-seq |
| 9o02s | SimpleChIPR Enzymatic Chromatin IP Kit(Agarose Beads)(酶解法，琼胳糖微珠) | ChIP |
| 56795s | SimpleChlPR ChIP-seq DNA Library Prep Kit for IlluminaR(DNA文库构建) | ChlP-seq |
| 货号 | 产品名称 | 规格 | 反应种属 | 应用 |
| 9733T | Tri-Methyl-Histone H3 (Lys27)(C36B11) Rabbit mAb |
20 ul | HMR Mk ()(Z) | wWIHC-P IF-ICF ChIP ChlP-seq |
| 9751T | Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4)(C42D8) Rabbit mAb |
20 ul | HMRMk Dm Sc (Z) |
WlHC-P IF-ICF ChIP ChlP-seq |
| 9649T | Acetyl-Histone H3(Lys9)(C5B11)Rabbit mAb | 20 ul | HMRMk Z(Sc) | WIP IHC-P IF-ICF ChIP ChlP-seq |
| 8173T | Acetyl-Histone H3(Lys27)(D5E4)XPR Rabbit mAb |
20 ul | HMRMk (Hm)( (Z)(GP)(Hr) |
WIF-ICF ChIP ChIP-seq |
| 5246T | Ezh2(D2C9)xPR Rabbit mAb | 20 ul | HMRMk | WIP lHC-P IF-F IF-ICF ChIP ChlP-seq |
| 3724T | HA-Tag(C29F4)Rabbit mAb | 20ul | All | WIP HC-P IF-ICF ChIP |
| 12698T | His-Tag (D3110)XPR Rabbit mAb | 20ul | All | WIP IF-ICF ChIP |
| 8242T | NF-kappa-B p65(D14E12)XPR Rabbit mAb | 20ul | HMRHm Mk Dg | WIP IHC-P IF-ICF ChIP ChlP-seq |
| 9145T | Phospho-Stat3 (Tyr705)(D3A7)XPR Rabbit mAb |
20ul | HMRMk | ELISA W IP IHC-P IHC-F IF-ICF ChlP ChIP-seq |
| 8480T | beta-Catenin(D10A8)XPR Rabbit mAb | 20ul | HMRMk | WIP IHC-P IHC-F IF-F IF-ICF ChIP ChlP-seq |
| 8685T | Smad2/3 (D7G7)XPRRabbit mAb | 20ul | HMRMk | W IP IF-ICF ChIP ChIP-seq |
| 14074T | YAP(D8H1x)XPR Rabbit mAb | 20ul | HMRHm Mk | WIP 1HC-P IF-ICF ChIP ChlP-seq |