NEBNext®多样本接头引物试剂盒 1(Unique 双端 UMI 接头,适用于 RNA)
相关产品:
NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 1(Unique 双端 UMI 接头,适用于 DNA)
产品特点:
· 高效稳定的连接效率
· 可支持更高通量
· 专为 RNA 文库优化
· 更准确地测定转录本丰度
概述:
用于 Illumina® 平台的 NEBNext® 多样本接头引物是 NEBNext® 文库制备系列产品的重要组成部分,有多种不同的产品可用于 NEBNext® 产品或其它标准的 Illumina® 平台兼容的文库制备流程。该产品(Unique 双端 UMI 接头,适用于 RNA,NEB #7416)为 RNA 测序流程设计和优化。这些独特的双端检索引物接头还分别包含一段唯一的分子标签序列(UMI),包含一个独特的分子条形码(UMI)序列,以便更准确地分析转录组。通用引物也包含在内。
可提供适用于 DNA 测序的 NEBNext® Unique 双端 UMI 接头(NEB #E7395),也可提供单端、双端和 Unique 双端引物以及优化的接头。
产品描述:
NEBNext® Unique 双端 UMI 接头具有同样有效的连接和随后扩增。
A:以通用人参考 RNA(Agilent #740000)为起始样本,使用 NEBNext® Poly(A) mRNA 磁性分离模块(NEB #E7490)富集后,使用 NEBNext® Ultra II RNA 定向文库制备试剂盒(NEB #E7760)制备 96个文库。使用 Agilent Tapestation 4200 评估建库产量,通过将单个文库产量除以 96 个所有文库的平均产量对文库进行标准化。所有 96 个 Unique 双端 UMI 接头的一致性和连接效率都很高。每个条形图代表至少 2 个技术重复的平均值。
B:NEBNext® Unique 双端 UMI 接头具有均一的聚类效率。文库使用 Illumina NextSeq® 500(PE70)测序。每个文库预计占测序 reads 总数的1.04%。通过将实际的 reads 数除以预期的 reads 数对文库产量进行标准化。96 个 Unique 双端 UMI 接头均未出现偏差。
相较于其它 UMI 接头竞品,NEBNext Unique 双端 UMI 接头性能更优越。
以通用人参考 RNA 为起始样本,使用 NEBNext® Poly(A) mRNA 磁性分离模块(NEB #E7490)富集后,使用 NEBNext® Ultra II RNA 定向文库制备试剂盒(NEB #E7760)制备文库。
A:以 10 ng、100 ng 和 1,000 ng 的总 RNA 为起始样本,图中显示了三个重复的平均文库产量。使用 NEBNext® Unique 双端 UMI 接头或 IDT xGen 双端接头进行接头连接。使用 Agilent Tapestation 4200 评估最终建库产量
B:文库使用 Illumina NextSeq® 500(PE70)测序。Reads 被降采样(seqtk)至 500 万,并使用 HISAT 2.1 比对至 GRCh38 参考基因组。使用 fgbio(AnnotateBamWithUmis)添加 UMI 信息,并使用 MarkDuplicates(Picard 2.18.2.1)标记含有 UMI 的 reads 和检测重复率。NEBNext® Unique 双端 UMI 接头产生的文库产生的重复更少。
实验流程: